变故发生之快，让太后一系的人来不及反应。
北玄营的统军大将跌跌撞撞地跑进议政大殿，告诉了太后一个坏消息，那就是西白、东青、南赤三个大营的兵马已经围了皇宫，全都倒向了太子。
王仁护着李明世闯入议政大殿，在李明世的右手中，正是虎符。
“北玄营的兄弟，虎符在此，你等还不退下？”李明世高举虎符，沉声喝道。
虎符乃是号令三军的最高信物，无虎符，则无人可调动一国兵马；北玄营在没有虎符的情况下私自出兵，已经等同谋反；更何况，现在的局势，太后一系败局已定，他们若还是顽抗，恐怕得血溅当场。
场面陷入了僵持，北玄营动也不是不动也不是；林君涵镇定自若，又一次出声，请太后验明遗诏真伪。
“罢了……”太后自知大势已去，今日无论如何她也是一败涂地了。
青衿上前，从内侍总管手里夺过假遗诏，又请张大人上前，仔细勘验两份诏书，最后确定了两份遗诏的真伪。
辨别真伪的方式便是遗诏上那个特殊印记，真正的遗诏是先帝避开包括林君涵、太后在内的所有人，秘密召集几位心腹老臣写下的，这些老臣中就有张大人；而那个印记是用一种特殊的印泥印上的，之后为了防止有人伪造，先帝吩咐张大人悄悄销毁了那种印泥。
太后扣下遗诏后，为了确保万无一失，仔细比照了真遗诏，唯独那个印记是用其他材质的印泥代替的，因此只需验明印泥材质就可辩出遗诏的真伪。
真相大白，太后的阴谋宣告破产。
李明世得到林君涵授意，吩咐王仁带人拿下了太后一党的人，傀儡皇帝自然也没有逃过。
有关对太后一党的处罚，林君涵也并没有做得太绝，只是暂时收押软禁。
随后，真正的遗诏公诸于世，林君涵顺利登上了皇位，立芈兰为皇后，并对有功之臣进行了封赏。
再之后，就是对朝堂官员的更换，所有的实权职位都由林君涵手下的文武大臣接手。此前效命于太后的臣工或被“请辞”，告老还乡；或调离原位，给了不大不小又没有实权的职位。
太后虽保留了地位，但没了权力，被禁足于宫中，余生都无法踏出宫门一步；她所扶持的那位侄儿，念在他并无什么大过错，林君涵给他封了个边缘小吏的职位，由他自生自灭。
北玄营则进行了一次大清洗，换掉了不少将领，底层士卒倒是没有受什么影响。
无论是太后还是那些老臣，终究是曾经与先帝一起打天下的人，林君涵也不能赶尽杀绝，否则就会落人话柄。
芈兰自知对不起母亲，得了林君涵的允许，每日都会去看望母亲，只是母女之间还是有了隔阂。
林君涵在即位后，便与李明世等心腹商议改组行政体系，建立起了一阁六部的行政制度。
由先帝的两位老臣——张正和杨奇，再加上李明世共同组成内阁，称内阁大学士，张正为内阁首辅，杨奇和李明世同为次辅；所有的军政要事，先递交内阁审阅，可直接由内阁决定的事，只需将结果上奏皇帝，内阁无法决定的事再由皇帝拍板定案。
除了三位大学士，内阁还设有六大辅职，协理内阁事务。
内阁之下，即为六部，延用历朝历代的传统建制，即兵、礼、吏、户、工、刑六部，受内阁统辖，分管不同事务。其中，兵部官员均从军中选拔而出，如此方能更好地配合军队。
六部各有其下属机构，作为政务的具体执行者。
在地方的建制上，考虑到荆州、扬州土地辽阔，村落城镇不胜枚举，为了便于集中管理，朝廷初步拟定了一套制度，设立了从高到低共五个行政等级，即府、县、镇、乡、亭五级，一府辖数县、一县辖数镇……以此类推。
这一改革是基于当前吴国的疆域而定，在未来疆域不断扩大及至囊括了整个九州后，自然还会有所变动，但基本框架不会变。
事实上，为了推行地方上的行政改革，早在推翻前越时，林君涵就已经着人重勘荆州的国土情况了；后吴国取代了前越，又进行到了扬州；至林君涵即位这一年，新的南国两州的版图正好绘制完成，一众君臣依最新勘定的版图，细分了各个等级的行政区域。
以传统的城为基础建立起府，最高行政长官称之为府尹，享有执法、征税等权力，配有府兵制，可招收一定名额的府兵，但需向兵部进行申报，且要详细记录在案。
县级行政长官为县令，镇级为里正，乡级称乡长，亭级则称亭长，此四级没有任何兵权，县令、里正可设府衙并招收衙役；乡长和亭长基本属于最底层官吏，主要职责就是管理方寸之地，协助上级单位执行政令。
金陵城作为国都，设京畿府，由内阁大学士杨奇之子杨仪担任首位府尹；西楚城作为陪都，设西京府，其首任府尹是林君涵麾下一位才德与忠诚兼备的心腹大臣，名为严疾。
国有三权，政、法、兵。
三权之中，兵权独立在新建的制度之外，由皇帝亲自掌控，又与各级行政机构有所交叉，彼此协同。
吴国建立之初，将主力军队分成了四大营，即现在的东青、南赤、西白和北玄，用来拱卫京畿，被称为“京畿四营”；在地方上则设立了守备军，而位于边境地带的守备军还有一个重要职责就是戍守边疆，因此军事素养仅次于京畿四营而高于境内的地方守备军。
林君涵上位后，将兵权牢牢把握在了手中，四大营的统帅都是他手下的心腹将领；原来的守备军制度也被废弃，将各地方军整合到京畿四营，由四营统一进行调度。
同时，京畿四营也被安排了新的职权。
东青营被调往吴国北方边境，专职负责边防；西白营则被安排到了吴国的西方边境负责边防；南赤营则驻扎在了荆州和扬州的交界，作为居中策应，同时也是负责南方边境；北玄营则拱卫京畿，由王仁直接统领。
而在皇城之中也有专门的军队负责防务，由四大营中选拔出的精兵组成了御林军，专司守卫皇城。而第一代御林军统领的人选着实让林君涵等人商讨了一阵，那些有统兵之才的大将自然不能来当皇城的保镖，原先最为合适的王仁又要管理北玄营，以这货的性子怕是管不过来两边的事，因此选谁来统领御林军就成了个大问题。
最后，林君涵做了个让一众大老爷们瞠目结舌的决定，让青衿当了御林军的统帅。
青衿虽然有女战神之美名，但在这个男尊女卑的时代，让她来统帅御林军还是让大男人们难以接受。
李明世倒没啥，其他的文武大臣就有意见了。
但他们有意见又如何，林君涵可不是能被大臣们所左右的君王，既然他认为青衿能够胜任这个职位，那青衿就是最合适的人选。
于是，在家里闲得发霉、没事就到军营去找陪练的青衿就欢天喜地地走马上任了。
其实林君涵选择青衿，还有一个比较私密的原因，那就是青衿作为女子更方便保护宫中女眷；而御林军上下能否对青衿服气，林君涵一点都不担心，以她的本事，揍服那群大老爷儿们是轻而易举的事。