在学员继续探索基因奥秘之时，监测系统突然警报大作。原来是一股来自黑洞附近未知区域的能量波动正朝雪院袭来。这股能量波动蕴含着极为复杂的基因信息，如果直接冲击学院，很可能导致学院内所有基因数据紊乱。年轻学员临危受命，率领团队前去探究。
他们乘坐最先进的探测船，历经千难万险抵达波动源附近。发现竟是一艘巨大的古老宇宙战舰残骸，其内部的核心装置散发着波动。学员们小心进入战舰，破解重重机关后找到了核心装置。通过分析，学员发现这是一种上古文明用于基因进化的超级装置，但已失控。
年轻学员运用所学知识，重新编写程序稳定了装置。不仅化解了危机，还将装置带回学院研究。凭借对这个装置的解析，学院在基因进化领域获得了前所未有的进展，再次稳固了自身在宇宙基因技术领域的领先地位。
学院在基因进化领域取得进展后，吸引了无数星球的人才前来求学。年轻学员成为了学院的明星人物，负责教导新来的学生。一天，年轻学员在授课时，检测设备突然发出异样信号。原来，上次带回的古老装置在与学院现有设备融合时，意外打开了一道通往异次元空间的大门。门内涌出大量未知生物，它们身形透明，行动敏捷，所到之处基因数据被疯狂吸收。年轻学员当机立断，启动应急防御系统，并带领学生们疏散人群。随后，他孤身一人冲进异次元空间入口。在里面，他发现这些生物其实是被一种邪恶意识控制的基因聚合体。年轻学员凭借强大的基因技术，创造出干扰波瓦解了邪恶意识。那些生物恢复正常，纷纷退回异次元空间。年轻学员关闭了入口，加固了装置的防护措施。经此一役，学院更加重视对未知危险的防范。而年轻学员则继续投身教学与研究，他深知宇宙基因奥秘无尽，必须时刻保持警惕，才能守护学院，不断推动基因技术向前发展。
平静的日子没过多久，学院接到一封匿名求救信。信上说在某个废弃星球发现了类似学院曾经研究过的危险基因物品，已有不少探险者莫名失踪。年轻学员主动请缨前往调查。
到达废弃星球后，四处弥漫着死寂的气息。他们很快找到一个隐藏的地下基地，这里布满各种古怪的实验仪器。在基地深处，他们看到一个巨大的培养皿，里面是一团扭曲蠕动的基因混合体，散发出令人作呕的气味。
突然，周围灯光大亮，一群身着黑袍的人现身。为首之人狂笑道，他们故意引来学院的人，目的就是要获取年轻学员身上关于稳定基因的技术，好让这个恐怖的基因混合体完美诞生。年轻学员镇定自若，他悄悄用基因通讯器通知队友撤离并呼叫支援。自己则施展基因伪装术，混入黑袍人中，伺机破坏他们的控制系统。趁着黑袍人慌乱之际，他成功摧毁了关键设备，基因混合体崩溃消散。随后赶来的学院援军将黑袍人一网打尽，年轻学员再次守护了学院和宇宙的安全。