多年以后，学院在小李精神的鼓舞下蓬勃发展，成为宇宙首屈一指的基因技术学府。可是有一股黑暗势力正在暗中崛起，他们觊觎学院掌握的强大基因技术，企图将其据为己有。
这股势力派出间谍潜入学院，偷偷破坏学院的核心设施，并篡改一些关键的基因数据。幸运的是，一名年轻而敏锐的学员察觉到异样，及时报告给了学院高层。
于是，全院师生团结一心，利用他们所学的知识设置重重陷阱。当黑暗势力以为阴谋得逞，大举入侵之时，却落入了师生们精心设计的圈套。在激烈的对抗中，大家凭借着对基因技术的深刻理解，巧妙地化解了黑暗势力的攻击。
经此一役，学院更加重视安保工作和对学员品德的培养。他们深知，只有秉持正义并且不断钻研进步，才能真正传承小李的遗志，使基因技术在宇宙中持续健康地发展下去。
在这场危机过后，学院迎来了一段相对平稳的发展期。然而平静之下暗涌仍存，学院高层意识到仅靠防御无法彻底杜绝危险。于是决定主动出击，寻找黑暗势力的老巢。
他们挑选了一批精英学员组成特别行动队，其中就包括那位发现异常的年轻学员。行动队根据蛛丝马迹，追踪到一个废弃星球。这里看起来荒芜，但其实隐藏着诸多机关。
刚踏入星球表面，他们便遭遇了能量护盾的阻挡。学员们运用基因技术干扰护盾频率，成功突破。进入内部后，发现黑暗势力正在进行一项邪恶的基因融合实验，打算制造出无敌的战斗生物。
行动队果断出手，他们相互配合，有的负责破解实验装置，有的则与敌人正面交锋。在战斗最激烈时，年轻学员冒险冲向核心控制器，利用自身独特的基因能力改写程序，致使整个基地自毁。黑暗势力就此覆灭，学院再次扞卫了基因技术的尊严，继续在宇宙中书写着传奇篇章。
学院在这次胜利后，并没有放松警惕。为了防止类似的黑暗势力再度滋生，学院决定扩大影响力，在更多的星系建立分院。年轻学员们纷纷踊跃报名前往分院任教或参与建设。
与此同时，在宇宙的深处，一个古老的遗迹被意外发现。这个遗迹中蕴含着前所未见的基因密码，似乎与宇宙起源的生命基因有关。消息传开后，学院组织探险队前去探究。
当探险队抵达遗迹时，发现里面充满了各种复杂的基因谜题和危险的防护机制。队员们依靠扎实的基因知识，逐步解开谜题。就在他们接近核心区域时，突然触发了一道强力的基因锁，需要同时具备多种特殊基因能力才能打开。队员们齐心协力，结合各自的基因优势，最终打开了基因锁。在核心处发现了一颗散发着蓝光的晶体，它所包含的基因信息有望推动基因技术进入全新纪元。探险队小心翼翼带着晶体返回学院，等待着新一轮的探索与突破。