侦察小队在宇宙各处搜寻，终于在一颗荒芜星球的古老遗迹中发现了神秘符文。这些符文与修仙者的法宝和法术波动隐隐呼应，科研人员将符文拓印带回，借助联盟最先进的解析设备展开研究。
经过数天不眠不休的工作，他们破译出部分信息，得知修仙者来自一个名为“混元界”的特殊宇宙，那里的能量法则与当前宇宙大相径庭，而他们穿越的关键，是一种被称为“混沌晶核”的神秘物质。苏然意识到，要想彻底抵御修仙者的入侵，必须对“混沌晶核”有所了解，掌握其特性。
为获取更多混元界的情报，苏然招募了一批擅长情报收集的特工，秘密潜入修仙者活动区域周边，试图构建一个针对混元界的情报网。
特工们乔装打扮，与修仙者的附庸势力接触，冒着生命危险收集情报。他们得知，混元界内部并非铁板一块，存在多个修仙门派，为争夺资源和修炼圣地纷争不断。此次入侵当前宇宙，是由几个强大门派联合发起，目的是掠夺能量和资源，以提升自身在混元界的地位。苏然琢磨着，或许能利用混元界内部的矛盾，分化瓦解入侵的修仙者。
联盟的军事工厂开足马力，对舰队展开全方位升级。在武器方面，除了优化震荡炮，还研发出能干扰修仙者法术吟唱的声波武器；动力系统引入新型能量晶体，使战舰速度提升了30；防御系统则融入特殊材料，能对法宝攻击产生一定的缓冲和抵消效果。
苏然亲自监督升级工作，严格把控每一个环节的质量。他深知，在即将到来的大战中，舰队的每一点提升都可能成为扭转战局的关键。看着一艘艘焕然一新的战舰驶出工厂，苏然的信心也增添了几分。
正如苏然所料，修仙者很快卷土重来。这一次，他们的舰队规模更大，还带来了新型法宝，一种能释放出强大引力场的“吸星盘”，可将联盟战舰直接拉扯过去，使其陷入被动。
战斗打响，“吸星盘”刚一亮相，就有几艘联盟战舰被引力锁定，动弹不得。修仙者趁机发动攻击，能量法宝的光芒照亮了黑暗的宇宙。苏然迅速下达指令，让舰队开启紧急规避模式，同时组织火力集中攻击“吸星盘”的操控者。
联盟舰队在“吸星盘”的威胁下陷入苦战，多艘战舰受损严重。但苏然没有慌乱，他留意到“吸星盘”启动时，操控者周围的灵力波动会变得异常剧烈，这或许是弱点。
他命令精英突击小队驾驶高速战机，携带特制的灵力干扰弹，冲向“吸星盘”操控者。突击小队在枪林弹雨中穿梭，成功接近目标并发射干扰弹。干扰弹爆炸，瞬间扰乱了操控者的灵力运转，“吸星盘”的引力场出现紊乱，联盟舰队终于获得了喘息之机。
就在双方激战正酣时，一个神秘组织突然介入。他们驾驶着造型奇特的飞船，周身散发着诡异的能量波动，对修仙者和联盟舰队展开无差别攻击。
苏然试图与神秘组织沟通，却得不到任何回应。他只能一边指挥舰队抵御修仙者，一边应对神秘组织的袭击。神秘组织的武器十分奇特，能发射出一种腐蚀能量，接触到战舰护盾后，护盾能量迅速衰减。在腹背受敌的困境下，联盟舰队的形势愈发严峻。
苏然派出侦察飞船，全力探寻神秘组织的来历。经过一番追踪和调查，发现这个神秘组织竟是来自宇宙深处的“黯星教”，他们信仰一种被称为“黯星之力”的黑暗能量，企图利用这场战争，让“黯星之力”吞噬整个宇宙。
苏然意识到，必须尽快解决眼前的危机，同时想办法阻止“黯星教”的阴谋。他分析“黯星教”的攻击模式，发现他们的飞船能量核心似乎与“黯星之力”的连接存在延迟，只要把握好时机，就能给予其致命一击。
苏然制定了一个大胆的计划，他命令舰队佯装败退，将修仙者和“黯星教”引入一个预先布置好的能量陷阱区域。当三方势力都进入陷阱后，联盟舰队启动陷阱装置，释放出强大的能量乱流，干扰修仙者的法宝和“黯星教”的飞船能量系统。
趁此机会，苏然带领舰队精锐，集中火力攻击“黯星教”的旗舰。经过一番激烈交火，终于成功摧毁了旗舰的能量核心，“黯星教”的飞船纷纷失去动力，陷入混乱。修仙者见势不妙，也开始萌生退意。
在联盟舰队的猛烈攻击和能量陷阱的双重打击下，修仙者和“黯星教”损失惨重。修仙者无心恋战，开始撤退，“黯星教”也被迫逃离战场。
苏然望着逐渐远去的敌人，知道这场战斗只是暂时告一段落。虽然取得了阶段性胜利，但联盟舰队也遭受重创，亟待休整。他立刻组织人员对受损战舰进行抢修，同时总结战斗经验，为下一次战斗做好准备。
苏然在指挥中心复盘战斗时，突然感到脑海中一阵熟悉的波动。沉睡已久的混沌主宰系统再次上线，系统界面在他眼前浮现，散发着神秘的光芒。系统传来提示音：“宿主，宇宙危机加剧，混沌主宰系统觉醒，将为你提供更强大的力量和信息，助你守护宇宙……” 苏然看着系统界面，眼中闪过一丝惊喜，他知道，有了混沌主宰系统的助力，宇宙联盟对抗修仙者和其他威胁的底气更足了 。