陈轩返回联盟后，受到了英雄般的欢迎，但他没有沉浸在赞誉之中。签署与泽尔星人的和平合作协议虽避免了一场星际战争，却也让他意识到联盟在宇宙中的处境愈发复杂。“暗影守望者”传来消息，宇宙中一些小型文明在观望联盟与泽尔星人的关系走向，部分文明受泽尔星人前期动作影响，对联盟的信任仍未完全建立。
与此同时，联盟内部的改革虽在稳步推进，但过程中困难重重。新的权力结构和审查机制在建立过程中，各利益集团为争夺话语权产生了诸多矛盾。原本支持陈轩的部分势力，因改革触动自身利益，态度逐渐变得暧昧。
陈轩决定利用这段相对和平的时期，进一步强化“暗影守望者”。他深知，联盟官方的改革进程缓慢，且受各方利益掣肘，“暗影守望者”作为秘密组织，能在暗处发挥更大作用。他加大对组织成员的培训力度，不仅提升他们的战斗技能，还加强情报分析、外交谈判等多方面能力。同时，他利用与泽尔星人合作的契机，引入泽尔星人的先进空间跳跃技术，对“暗影守望者”的装备进行升级。
在联盟官方层面，雷诺二世邀请陈轩参与联盟未来发展战略的高层会议。会议上，各方对于联盟的发展方向争论不休。一些保守派认为应先巩固内部改革成果，加强联盟核心区域的防御；而激进派则主张主动出击，扩大联盟在宇宙中的影响力，以威慑潜在敌人。陈轩提出了自己的观点，他认为联盟应在巩固内部的同时，积极拓展与其他文明的交流合作，以“星穹互联计划”为基础，打造一个更广泛的宇宙文明交流网络，提升联盟在宇宙中的软实力。
然而，就在联盟内部为发展方向争论时，宇宙深处传来一则令人不安的消息。一个神秘的文明“熵蚀族”开始在周边星系活动，他们所到之处，星系的能量平衡被破坏，部分星球的生态系统逐渐崩溃。“熵蚀族”似乎拥有一种能够加速熵增的技术，所经星球的资源快速消耗，走向衰败。
“暗影守望者”率先收集到关于“熵蚀族”的一些情报。他们发现，“熵蚀族”并非传统意义上的侵略性文明，其行为似乎是为了获取某种特殊的能量来维持自身文明的运转，但他们的获取方式却对周边星系造成了毁灭性打击。陈轩意识到，若不及时应对，“熵蚀族”的活动范围一旦扩大到联盟星系，后果不堪设想。
陈轩向联盟议会提交了关于“熵蚀族”的情报报告，并建议成立专门的应对小组。但议会内部对此事反应不一，部分议员认为这可能是陈轩为获取更多权力而编造的危机，对报告持怀疑态度。而另一部分议员虽相信“熵蚀族”的威胁，但认为联盟当前应专注内部改革，无力应对外部新危机。
面对议会的分歧，陈轩决定再次依靠“暗影守望者”。他带领组织成员深入“熵蚀族”活动区域周边，试图收集更多关于“熵蚀族”的技术、社会结构等关键情报，以便找到应对之策。在执行任务过程中，“暗影守望者”遭遇了“熵蚀族”的巡逻舰队。双方展开了一场激烈的太空战斗。
“暗影守望者”凭借升级后的装备和灵活的战术，暂时击退了“熵蚀族”的巡逻舰队。但在战斗中，陈轩发现“熵蚀族”的武器装备与传统文明截然不同，其能量运用方式极为独特，似乎能直接干扰物质的微观结构。这场战斗让陈轩意识到，对抗“熵蚀族”将是一场前所未有的挑战。
与此同时，联盟内部因对“熵蚀族”事件的处理方式产生分歧，政治斗争再次加剧。一些势力企图利用此事打压陈轩和支持他的派别，联盟局势变得愈发紧张。而在联盟外部，“熵蚀族”的活动范围仍在不断扩大，对联盟的威胁日益临近。陈轩身处联盟内部斗争与外部危机的双重困境之中，他必须尽快找到解决办法，否则联盟将面临前所未有的灾难。