陈演、魏藻德被处死，李建泰又远去山西，内阁空置。
朱由哲提升李邦华为内阁首辅，蒋德璟为内阁次辅。其他如李遇知，倪元璐、范景文皆入阁。
同时，在五阁老之外，朱由哲还增设了两个内阁的候补人选，给予他们旁听、建言之权。
分别给了最近表现良好的陈名夏，以及刚来京师的张煌言。
而内阁之权也被朱由哲扩大，给予内阁首辅批阅奏折之权。凡是内阁和司礼监达成一致，即代表皇帝之权。
同时，京师内阁建立的同时，朱由哲同时下令组建南京内阁。
史可法担任首辅，高宏图担任次辅，剩下的三个分别为何腾蛟、吕大器，还有赋闲在家的黄道周担任。
南京，为朱由哲的后备选择。不求他们能翻天改地，但求他们稳住局面，而这些都是十分忠心的大臣。
在京城，朱由哲面见了阎应元。当即提升他为保定总兵，赐尚方宝剑，有先斩后奏之权，主持防守保定。
郑森，赐名成功，入京营五军营，担任游击将军，自管一营。
杨廷麟，提兵部右侍郎，京营总赞画，参与军机策划。
刘肇基，复总兵之职，入京营。
陈子龙赐银两万两，总兵职，令其前往淮南募兵
沈廷扬，升总兵，主管天津到淮安之间的水道安全。
夏完淳，太子侍读。
所有下诏摇的，除了姚启圣不知去向，没有前来外，其他的都到了，也做了对应的安排。
让百官感到惊奇的是，很多是文官出身的，如陈子龙，本就是进士，却被朱由哲安排了一个武职。
当他们提出不同意见时，朱由哲干脆说，乱世应该文武并举，并鼓励他们以文转武。
提出凡是愿意到京营任职者，直接提升一级，候补进士直接从六品为官，太学生亦可直接为官。
但即使如此，应者也少的可怜。
重文轻武的风气，却不是短时间内能改变的。
因为谋逆之事处置妥当，兼雷厉风行，陈演、魏藻德的死虽然引起了轩然大波，但很快被平息。
再加上李邦华、蒋德璟等人的能力比着陈演高，而比魏藻德更加勤奋，朝堂的局面顿时焕然一新。
很多奏疏都是当日到，当日批复，效率不知快了多少。
这日，朱由哲起了一个大早，前往太庙祭祀。接着，便会去倪元璐在永定门外设置的祭坛去祭祀孙传庭、袁崇焕、卢象升三位。
朝廷礼官大声唱和。
朱由哲上前跪倒在地，但看了半天，终究没去磕头。
倪元璐上前，“陛下，良辰已到，请拜祭各位先皇。”
朱由哲没有磕头，反而站起来问道：“倪爱卿，大明到目前十五帝，为何现在却只有十四个牌位？缺了谁的？”
倪元璐愣了一下，上前小声道：“陛下，缺的是景泰皇帝。”
朱由哲故作疑惑道：“为什么缺他？景泰皇帝不配为帝吗？有做过什么愧对祖宗的事情吗？”
“这个……”倪元璐也不知如何作答。
朱由检眉头紧皱，忍不住道：“你这是要干吗？景泰皇帝为何不在，难道你不知道吗？”
景泰皇帝朱祁玉死后，明英宗朱祁镇毁其寿陵，以亲王之礼葬于西郊。