中标人未能按规定提交履约保证金，其投标保证金是会被没收的。以下是具体的分析：
法律依据
根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定：
《中华人民共和国招标投标法》第二十五条规定：“投标人应当按照招标文件的规定提交标书，并缴纳招标保证金。中标人应当按照招标文件的规定履行合同，如不能按照合同履行义务，招标人有权没收其招标保证金。”
《中华人民共和国合同法》（现已被《中华人民共和国民法典》合同编取代，但相关原则仍适用）第一百五十三条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，对方当事人有权请求履行或者请求采取必要的措施进行补救，并有权要求赔偿损失。”同时，《合同法》也规定了因不可抗力导致无法履行合同的免责情形，但这不适用于未按规定提交履约保证金的情况。
没收投标保证金的情形
当中标人出现以下情况时，招标人有权没收其投标保证金：
中标人在规定期限内未能签订合同或根据规定接受对错误的修正；
中标人拒不提交所要求的履约保证金。
此外，如果投标人在投标有效期内撤回投标，或者在签订合同时向招标人提出附加条件、更改合同实质性内容等，同样可能导致投标保证金被没收。
履约保证金与投标保证金的关系
履约保证金是项目发包人为防止承包人在合同执行过程中违反合同规定或违约，用以弥补给发包人造成的经济损失的一种保证金。它具有违约金的性质，可作为履约担保，确保合同的顺利履行。而投标保证金则是参与投标者对履行合同承诺的一种保证方式。在中标后，投标保证金通常会转为履约保证金的一部分（如果招标文件中有此规定），或者需要中标人另行提交履约保证金。如果中标人未能按规定提交履约保证金，那么其原先缴纳的投标保证金就可能被没收。
综上所述，中标人未能按规定提交履约保证金时，其投标保证金是会被没收的。这是为了维护招标的公正性和效率，以及保障招标人的合法权益。
在招投标过程中，履约保证金与投标保证金各自扮演着重要的角色，它们的作用及关系如下：
履约保证金的作用
保障合同执行：履约保证金是为了确保中标方能够严格依照合同约定履行相关责任。如果中标方未能如期完成合同约定的内容或存在违约行为，那么该部分保证金便可作为赔偿使用，以弥补发包人的经济损失。
规范市场运作：履约保证金有利于保证招标承建商市场运作的规范化，杜绝不合理的压价竞标，促使建设工程向信誉好、质量高的承建商集中。
与国际接轨：履约保证金制度的实施，也有利于我国建筑业市场同国际市场接轨，提升国内建筑企业的国际竞争力。
投标保证金的作用
约束投标行为：投标保证金的主要功能是确保投标方在竞标环节中的合规性及诚信度。它能够对投标人的行为产生一定的约束作用，防止投标人随意撤销投标文件或中标后无正当理由不与招标人订立合同。
弥补招标损失：在特殊情况下，如投标人存在违规行为导致招标活动失败或给招标人造成损失时，投标保证金可以作为赔偿金使用。
考察投标人实力：投标保证金的缴纳也从一定程度上反映了投标人的经济实力和履约能力，有助于招标人对投标人进行更为全面的评估。
二者之间的关系
提交主体不同：投标保证金由所有参与投标的投标人提交；而履约保证金则仅由中标人提交。
功能差异：投标保证金注重对招投标流程的监管，确保投标活动的严肃性和公正性；而履约保证金则更加关注合同执行状况，以保障合同的正常履行。
金额限制：根据相关法律法规的规定，投标保证金有明确的最高限额要求（如不得超过招标项目估算价的2等）；而履约保证金的金额则通常根据合同金额的一定比例来确定（如一般为合同金额的10-15）。
退还时间：投标保证金通常在未中标或中标后签订合同并缴纳履约保证金后退还；而履约保证金则在合同履行完毕后，经招标人确认无违约行为后退还。
综上所述，履约保证金与投标保证金在招投标过程中各自发挥着不同的作用，共同维护着招投标活动的公平、公正和有序进行。
在招投标过程中，提交履约保证金和投标保证金都是至关重要的环节。如果没有按规定提交这两类保证金，可能会产生以下影响：
未提交投标保证金的影响
失去竞争机会：未递交投标保证金的情形，主要是指在招标投标过程中，投标人未按照招标文件的要求随投标文件一同递交投标保证金。这种情况通常会导致投标人的投标文件被视为无效，从而直接失去竞争的机会。
降低中标可能性：即使投标文件被接收，但由于未提供保证金，也会在评标过程中被视为缺乏诚意和履约保障，从而降低中标的可能性。
面临法律责任：根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》的相关规定，如果投标人未按照规定递交投标保证金，将可能面临投标文件被拒绝接收或者被视为无效的风险，招标人有权不予返还其递交的投标保证金。
未提交履约保证金的影响
视为放弃中标项目：招标文件要求中标人提交履约保证金或者其他形式履约担保的，中标人拒绝提交的，视为放弃中标项目。此时，招标人可以选择其他中标候选人作为中标人，原中标人的投标保证金不予退还。给招标人造成的损失超过投标保证金数额的，原中标人还应当对超过部分予以赔偿。
信誉受损：未支付履约保证金可能会影响中标人在行业内的信誉，进而影响其未来的商业合作机会。