拿到了第一枚徽章后，小智一行人快速前往武斗道馆，等待驶往武斗岛的船出发的期间，一行人决定在卡那兹市分开来自由行动一阵子。
小胜偶然遇到了喜欢小孩的得文制造股份有限公司的社长，兹伏奇，因此小胜跟着他参观公司，看到了新研发的装置就是可以窥探宝可梦梦境的机器以及可以与宝可梦讲话之类、成为宝可梦的装置。
【小胜：那些装置也不知道发售了没？要是真的发售了，那训练家跟宝可梦之间就能够畅快交流，很方便！】
【米可利：大吾，叫你呢！】
【大吾：目前还在研制中，还有很多细节需要研究，没有那么快出来的。】
大吾全名叫兹伏奇·大吾，是得文公司兹伏奇社长的儿子。
【希巴：快点研制出来就好，即使没有波导之力跟超能力也能够跟宝可梦互相交流，从此训练家跟宝可梦之间没有交流障碍。】
现在的训练家跟宝可梦相互交流很多都是互猜的，有时候会理解错意思，要真有能够跟宝可梦讲话之类的设备，那很大程度会很方便。
白世界——
小胜刚到得文公司的时候就听到了君莎说这里疑似有人入侵，发现研究员偷走了得文公司复活化石宝可梦的研究成果，看到冒牌研究员使用了铁螯龙虾，小智一行人也从君莎的口中得知了丰缘地区存在海洋队以及熔岩队。
丰缘地区也有邪恶组织，不像是关东地区那样，火箭队一家独大。
众人就在想海洋队以及熔岩队又在搞什么鬼！
因为为小遥的疏忽，所以小智一行人没有搭上前往武斗岛的联络船，而小遥找到了哈奇老人，原本说好可以带他们到武斗岛的，突然间态度发生了一百八十度的大转变。
原来逃离得文公司的海洋队队员要挟了哈奇老人，抓住了哈奇老人的长翅鸥小皮作为威胁，他们也想要征用哈奇老人的船跟队友汇合。
火箭队三人组出来送助攻，他们这次的目标还是到处都能见到的长翅鸥，而在火箭队三人组制造混乱的过程中，海洋队队员则自己搭乘上了船只逃离，顺便再次抢走了小皮。
为了追回小皮，哈奇老人拿出了自己准备好的第二艘船，追逐了一番，而海洋队那些家伙跟潜水艇汇合，而小智一行人也来到了武斗岛。
就在武斗岛，藤树要跑去冲浪 没有跟小智进行道馆对战。
火箭队出来搞事情，却被小智打飞，因此助攻了小智，藤树改变主意，接受了小智的对战请求。
？
又是火箭队三人组的助攻！
一路看过来，火箭队三人组真的是不知不觉中帮助了小智很多次，虽然本意是捕捉皮卡丘。
可惜小智太轻敌，认为藤树沉迷于冲浪，实力应该不强。但事实上，藤树很擅长将冲浪的技术运用在战斗上，他的腕力，幕下力士也很强，小智完全不是对手。
至此，小智派出的两只宝可梦全都被打败。
【希巴：藤树还是那么强，专门宝可梦冲浪，遇到攻击的时候跟冲浪时遇到大浪身体保持稳定的动作是一样的。】
【藤树：险胜而已，后面小智锻炼之后就赢了，他是成长型的天才训练家。】
而小智被打败之后，就在武斗岛进行修炼，途中听说了大吾来到了石之洞窟，
因为火箭队三人组挖陷阱的缘故，小智一行人和他们一起掉进了洞穴的最深处 还惹到了可可多拉群，刚好被大吾派出波士可多拉救下，然后将火箭队三人组打飞了，大吾很幸运地发现了火之石。
【御龙渡：跑这么远就来找火之石】
大吾对石头的热爱无法想象。
【米可利：石头狂就是这样的，大吾对石头很感兴趣的，甚至自己的宝可梦基本上都是岩石系的。】
小智带着自己的宝可梦在海边进行特训，突然从帐篷旁出现了一个不明物体，搞出了许多幺蛾子出来，后面发现是龙虾小兵。
一眼就看上了龙虾小兵 小智派出木守宫跟它对战，成功收服了龙虾小兵。
小刚也在武斗岛锻炼的时候收服了一只水跃鱼。
不久后，还遇到了小田卷博士，小智一行人就跟小田卷博士研究洞窟得生态，发现了一个人工制造出来的小屋，另外熔岩队也进入了这个小屋，进入了一个遗迹，海洋队也在这里，双方都在遗迹上做了些检测就离开。
途中就听说到了红色珠子、蓝色珠子之类的。
【大吾：那俩队是想用两个宝石来操控创造海洋和陆地的神兽，一方要扩张大地，一方想要扩张海洋，完全不顾他人是否会陷入危难。】
【御龙渡：跟火箭队一样】
还好没成功，不然随便一方扩张，都会造成很大的破坏。
众人觉得火箭队的计划都比熔岩队跟海洋队还要好不少。
白世界——
经过了长时间培养，小遥的甲壳茧进化成了狩猎凤蝶。
这下小遥是高兴了，但武藏很不高兴，她的盾甲茧没有一点进化的迹象，要对盾甲茧展开特训，甚至还让小智一行人做陪练，随后她的盾甲茧进化成了毒粉蛾！
而小智经过了多日的锻炼，再次向藤树发起了复仇战。
新收服的龙虾小兵展现出了自己的实力，使用蟹钳锤击败了腕力，不过被铁掌力士的真气拳给打败了。
木守宫再次面对铁掌力士，这次小智有备而来，找到了幕下力士的弱点。
专门让木守宫对铁掌力士的下盘发起攻击，就让铁掌力士站不稳，没办法发挥出实力。
最后还真的用这个战术打法打赢了铁掌力士，赢得了拳击徽章。
【马志士：哎哟，铁掌力士的下盘看起来有点疼喔，攻击下盘的确是不错的选择。】
【小胜：管他什么上盘下盘，能赢才是王道！】