为了帮忙解决宝可梦中心，小智他们跑去发电厂探查，发现是臭泥群们堵住了海水入水口，导致发电厂火力发电保证生产，这个是造成黑云市变成弥漫着黑云的重要原因之一。
最后赶走了臭泥群，小智则是收服了臭臭泥！
“大木博士，对不起了！”
小智看着传送回去的臭臭泥精灵球，心里跟大木博士道歉一下。
此时，在研究室里边的大木博士正专心致志地用酒精灯加热着一锅简单却香气四溢的泡面。
突然，一阵机械运转的嗡嗡声打破了室内的宁静，那是他的传送宝可梦机器在运作的预兆。
“小智又传送宝可梦回来啦，上次传送活泼好动的火暴猴回来，这次会传送什么厉害的宝可梦回来呢？”
当传送机器上的白光逐渐消散，一个精灵球缓缓出现在大木博士面前，空气中却弥漫起了一股难以言喻的恶臭。
紧接着，‘嘭’的一声，精灵球应声而开，一股更加浓烈、刺鼻的气味瞬间弥漫了整个研究室。
大木博士原本充满期待的神色瞬间凝固，片刻后，他的脸上竟不自觉地扭曲成了一副痛苦面具，难以抵挡这股突如其来的“生化袭击”。
“啊！”
“不要传送臭臭泥回来啊！”
“这个臭味太难顶了，我的泡面啊！”
臭臭泥扑向大木博士。
【菊子：可怜的泡面，大木老头那时候吃泡面是怎么吃得下的！】
【小智：大木博士，我当初传臭臭泥回来的时候，你没有煮泡面吧？】
【大木博士：没有，但还是好臭啊！】
【小智：呃，我记得过几天跟你通电话的时候，臭臭泥非常粘人地压在你身上，博士你跟臭臭泥的关系更加亲昵了，臭臭泥好像是我见过最粘你的宝可梦！】
【大木博士：应该是吧】
【小刚：不愧是大木博士，您一直是我学习的榜样，我也想像您一样能够很轻松地跟宝可梦相处。】
黑世界——
解决完了黑云市的事情。
小智一行人在前往浅红市，路上亲眼目睹了运输车辆发生车祸事件的发生。
是宝可梦地鼠阻碍运输车前进，因此水坝工程一直无法顺利完成，水坝工程的工头对此很痛恨地鼠，召集了附近的训练师前来赶跑地鼠。
地鼠的行为不符合常规
小智敏锐地感觉到地鼠的行为异常，用波导之力跟地鼠们交流后，才知道地鼠它们破坏道路是有苦衷的。
正想跟包工头说明情况的小智却是听到了熟悉的声音。
“小智，你怎么也在这里？？？”
汽车的轰鸣声戛然而止，一阵尖锐而刺耳的轮胎与地面剧烈摩擦的声音吸引了众人的注意。
向后看去，是他的老熟人，小茂。