阿笠博士家。
柯南把从命案现场带回来的板仓卓的磁盘放进了电脑里，翻看之后发现里面是他的日记。
3月7日
有两个穿着黑衣的人突然来我的工作室找我，其中那个银色头发的家伙真是毫无礼貌。
他们好像对我之前开发中的一个软件很感兴趣的样子。不过在得知我因为视力减弱不打算研究之后就离开了。
柯南翻看着板仓卓的日记，发现除了第一篇有关于组织的，后面就是记录一些工作日常了。
“银色头发的男人，应该就是度亚戈了吧？不过怎么只有这些？”柯南看着日记颇为失望，“原本还以为可以知道组织到底在研究什么？没想到只有这么一篇。”
阿笠博士看着柯南用鼠标来回滑动日记，忽然说道：“诶，这个板仓卓怎么这么粗心大意啊？写日记，中间空这么大一片，难道不会觉得很不舒服吗？”
“嗯？？柯南被阿笠博士一提醒，忽然想起相马龙介说过，板仓卓是一个非常刻板且严谨的人。他的日记，也应该是规规整整才对。
柯南忽然眼睛一亮，想到了什么。他摁住鼠标的右键，在空白处拖动。
“原来这些日记被这样给隐藏了。这个板仓卓这么做显然是害怕有人发现的什么，他防着的人恐怕就是组织了。”柯南说着从头开始，仔细的查看着这些被隐藏的日记内容。
3月10日
象棋被移动了，桌上的钢笔也被移动了5cm……”
“有人潜入了我的家里……
3月26日
办公室的资料被翻动过……
有人送来了便当，我怎么可能敢吃……
警方不会处理这种案子的，
没办法，
因为没留下什么侵入的痕迹，
也没有东西被偷走……
这是长达几个月的入侵日记。
9月16日
再这样下去，我一定会疯掉……
思来想去只有那两个人了，我受不了了，在抽屉留下了字条……
10月3日
对方竟然很快地回复了。
入侵者在我放纸条的位置上，
放了一张留言……
上面只写着红色的『ok』两字，
和一串奇怪的电话号码。
那个红色的字大概是用血写的，
可能是要警告我要是泄密的话就会没命吧……
11月4日
我不敢报警，电话打过去，却是一个女人接了电话……
她的要求就是要我在一年内完成那个开发中的软件，他们愿意用高价收购……
看来是以前来的那两个男子的同伴。
日记完整的记录了板仓卓从被威胁，到妥协，到最后觉得问题太大想要跑路的过程。
“银色头发……应该说的就是度亚戈了吧？那么，还有一个男的和联络他的女人又是谁呢？”柯南读完日记思考着，“我们既是上帝又是恶魔，我们要违逆时间的洪流……这句话又到底是什么意思？”