在黄淳耀、侯峒曾等率领下，嘉定百姓多次与清军交战，清军于七月初四、七月二十六日、八月十六日或七月二十七日对嘉定进行了三次屠杀。
导致的南明百姓和军兵约有十万余人丧生，史称嘉定三屠。
而从南京临阵逃跑的马士英又在杭州拥立潞王朱常淓为监国。
但监国仅仅七天后，清军又攻破了杭州城，潞王投降。
潞王朱常淓投降后被押赴北京，第二年被清廷处死。
马士英则又一次逃出生天，先投靠严州总兵方国安，方国安军被清军击败后，马士英欲投靠唐王，被拒后又投奔太湖义军吴易军。
后来清军进剿太湖，马士英兵败，逃入四明山削发为僧，后被清军俘虏杀死。
而左良玉的结局是，1645年他以“清君侧”之名，欲邀九江守将袁继咸一同造反，遭拒。
其部下便私自放火烧了九江城，左良玉当场吐血，当晚不治而亡。
他死后，其子左梦庚率部继续东下，后遭南明黄得功阻击，退回九江。
此时正值清军英亲王阿济格追赶李自成残部至九江，左梦庚便于左良玉造反的同年投降了清军，其所部被编入汉军正黄旗，调转矛头对付南明王朝。
此时南明宗室虽多，但近支宗室已经所剩无几，他们之中又没有一个有绝对实力可以服众，统合南明各方势力的雄主。
这就导致南明各个势力独占一方各自为政，内讧不止。
公元1645年潞王投降后，唐王朱聿键在福州称帝，年号隆武，是为隆武政权。
同时鲁王朱以海在绍兴监国，是为鲁王政权，和福建的唐王政权相互之间存在矛盾。
他们便是南明的第二和第三个政权。
隆武皇帝朱聿键算是南明最有抱负的皇帝。
他有志恢复明朝江山，整顿吏治，积极组织抗清。
然而他虽然名为皇帝，但手握实权并不多，受到郑芝龙、郑鸿奎兄弟掣肘。
郑芝龙有着一支以其家族为核心的私人军队，最初在台湾地区发展起来，后不断壮大。
在接受明朝招安后，本就控制着庞大贸易船队，掌握着东海、南海制海权的他又组建了陆战队，人数众多，装备精良。
是当时东南沿海不可小觑的军事力量。
郑芝龙拥立朱聿键是为了借助南明政权的名号来维护和扩大自身在福建及东南沿海的势力和利益。
但随着清军的逼近，他担心与清军对抗会导致自身实力受损，于是想通过撤走朱聿键，向清军示好，以换取自身的荣华富贵和家族的长久利益。
（后来从荷兰人手中收复台湾的郑成功，其父亲便是郑芝龙。）
公元1646年，由于郑芝龙暗中与清军洽降，致使福建门户敞开，清军长驱直入福建。
隆武帝被俘后绝食而死，政权覆灭。
又是一个因为个人利益和内斗导致覆灭的南明政权。
但这还远非最后一次南明内斗。】