【起初张献忠在江南一路攻城掠地打下不少城池，但继续南下后发觉明朝食利阶级在此处根深蒂固。
江南地区的豪绅和地主势力为求自保这个共同利益，难得出钱出力组织起了武装力量对抗张献忠的军队。
同时也终于愿意在这等危及自身的情况下，为明军提供物资和情报支持，增加了张献忠在当地建立统治的难度。
攻势受挫的张献忠不得不向明军防守相对薄弱的湖北转移。
1635年，面对明军重兵围剿的形势下，张献忠、李自成、高迎祥分别以运动战形式转战河南、湖北一带。
因为没有稳定的根据地发展生产力获得补给，他们只能一路劫掠容易攻克的城镇，并沿途裹挟各地百姓补充被不断歼灭的有生力量。
1636年，明廷以卢象升为五省总督专治中原起义军，洪承畴专治西北，以分兵策略限制起义军行动范围。
同年高迎祥被卢象升包围在郧阳山区，后在黑水峪被新任陕西巡抚孙传庭伏兵击败。
高迎祥被俘，后被押至北京遭凌迟处死。
高迎祥余部投奔了李自成。
第一代起义军闯王就此死亡，李自成顺势继承“闯王”称号，继续领导起义军与明朝对抗。
由于张献忠是十三家起义军元老之一，而李自成最初只是高迎祥部下的闯将，地位远低于张献忠。
李自成虽继任闯王之位，但张献忠自恃资历老，不愿屈居其下。
由此起义军正式分裂成两派势力。
李自成部活动于陕甘宁地区。
张献忠部游走于湖北、安徽、河南一带。
同年，皇太极为统合汉人力量逐鹿天下，改国号为大清。
1637年，兵部尚书杨嗣昌增加军饷280万，提出“四正六隅，十面张网”的策略。
以陕西、河南、湖广、江北为“四正”，由四省巡抚分剿而专防；以延绥、山西、山东、江南、江西、四川为“六隅”，由六省巡抚分防而协剿，形成“十面之网”围剿起义军。
有了军饷后的明军果然实力大增。
张献忠和罗汝才直接在湖北兵败投降朝廷，不过他们还是假意归顺，拒绝接受改编和调遣。
李自成则被洪承畴和孙传庭击溃，只剩了十八人逃到了商洛山躲藏起来。
农民军大起义暂时陷入了低潮。
面对如此绝境，却仍说低潮只是暂时的，是因为大明广大的穷苦百姓饱受剥削食不果腹的问题根本没有解决，反而越发严重了。
杨嗣昌增加军饷的那二百八十万两，多数是“三饷”中的剿饷，是对穷苦百姓们加税，从他们仅剩的救命钱粮中强征出来的。
如此治标不治本的方式，反而加剧了明朝的恶疾。
起义军不管被消灭多少，也一定会在这一点就燃的干柴中掀起燎原之势。
就算李自成、张献忠都被剿灭，被逼到死路的百姓中也一定会出现王自成、刘自成、赵自成重新带来百姓们起来反抗。
这便是大势所趋，也是历史的滚滚洪流。
1638年八月，皇太极以十四弟多尔衮为为主将，绕道从密云东面的墙子岭和青山口突破长城要塞，直下济南掠夺人畜四十六万。