【首先是选材。
由于航海舰船长期处于海上高盐高湿度的环境，大量附着船底的藤壶也极容易侵蚀木材，增加航行阻力，所以在木料的选择上尤其注重耐腐蚀、强度高，同时又兼顾浮力的木材。
许多种类的松木本身含有天然树脂成分，这些树脂能够一定程度上减缓木材腐烂的速度。
同时松木笔直易于加工，在中国南北广泛分布，在成本的材质上都非常适合用来造船。
对于要长期承受风帆拉力的桅杆，则可以选用长度和强度都足够的杉木。
再者是所有大型风帆船必备的核心支撑结构，龙骨。
不仅要符合高强度、耐腐蚀，最重要的是作为承载整条船只的纵向支撑，龙骨必须得足够大。
而巨型木料缓慢的生长速度，几乎是不可再生资源。
由于缺乏实体文物证明，宝船的龙骨用料并不明确，有柚木、铁力木、杉木三种可能。
风帆则采用足够紧密、韧性较高的棉织或麻织帆布。
确定好主要原材料，接下来便是挖掘建造大型船只所需的船坞，明朝时称作塘。
挖掘作塘前先要建造一道阻隔河水的闸门，随后挖掘出一条条独立的干涸作塘。
当宝船建造完成后，开闸放水灌入作塘，宝船便能浮起沿长江进入大海。
建造时以龙骨为基座。
因为小型船的龙骨长度较短、所需木材尺寸较小，较容易获取到合适的整木材料。
而全长超过百米的郑和宝船，由于其规模巨大，龙骨要求极高的长度和强度，很难找到一整条符合要求的整木。
在这种情况下，龙骨通常是采用多段巨木，依靠榫卯结构纵向拼接而成。
在龙骨上方按一定间隔安装提前刨制好的多道弯木，形成类似鱼的肋骨结构。
（作为船舱主体的弯木体型巨大，弯曲幅度也大，难以使用蒸煮法使其整体弯曲，可能采用了弯曲幅度较小的多段木料用榫卯结构拼接。）
再使用一根横梁压在弯木与龙骨上，牢牢钉死固定。
由于船头可能要面临与敌船冲撞的情况，便需要采用密度极高、极为坚硬的巨大铁力木，再赋予其略微弯曲的形状后，用榫卯结构与龙骨实现拼接。
船尾则是一根斜立的巨木与龙骨进行拼接。
作为直接承受风力，带动船只航行的桅杆，其底座必须要与龙骨直接镶嵌在一起，并用桅座增加与龙骨的连接面积，桅座通常采用巨大的铆钉或螺栓与龙骨固定。
而这样结构复杂又巨大的桅杆，宝船有九根。
常见的帆船通常只有一到两根，三桅帆船在同时期的西方已经是最大的了。
船座、船头、船尾、桅杆相互连接后，船体的主框架便建造好了。
接下来便是以此为基础，用厚达十厘米的长条木板依次向上搭建。
船舱底部铺设木板后，用二十厘米长的钉子与弯木和横梁固定。
船底铺设好木板后，还要在船腹底部用横向弯木进行加固，以抵抗下水后海水对船体两侧的挤压。
之后是在船腹建造类似九宫格的水密隔舱。
这样的设计使得船体在受到炮击、触礁等威胁，造成船舱进水时，海水也不会蔓延到其他舱室。
从而保证了船只脱险后，能够从容地修补船舱并排水。
极大提高了宝船的航海安全性。
之后是安装船舵和舵叶。