这些百姓受尽士族的压迫，对士族的仇恨自然也是难以抑制的。
但是愚蠢而疯狂的孙恩等人利用民众的积怒，放纵信徒肆意杀害遇见的所有士族，劫掠妇女，甚至连婴儿都不能免死。
五斗米道的信众一路差点打进建康，但被刘牢之带领的北府军给击败了。
孙恩败逃海岛，连年从海岛入寇，烧杀劫掠百姓，前后历经数十战，又杀死民众数万人。
最后孙恩穷困投海自杀，徒党和妓妾说他成了水仙，跟着投水的多至百余人。
被孙恩掳去的二十余万人，三四年间，不是战死溺死，便是被贩卖作奴隶，到孙恩死时只剩下数千人。
孙恩死后，余众推卢循为首领，被刘裕追击，泛海逃走，此后连年为寇作乱。
一波未平一波又起。
公元402年，桓温的儿子桓玄又起兵清君侧，实为造反。
这会儿刘牢之也因为朝廷的提防和对桓温实力强大产生了妥协，于是刘牢之率领北府军站队了桓玄。
东晋再无抵抗能力，桓玄攻入建康把持了朝政，一年后桓玄废了傻皇帝司马德宗，自己称帝了。
桓玄实现了他爹桓温想做没做到的事。
可是桓玄称帝后骄奢荒侈，游猎无度，致使百姓疲苦，朝野劳瘁。
并且桓玄大力剿杀北府军旧部，以图根绝隐患。
这让作为刘牢之部下的刘裕感受到了威胁。
于是，刘裕暗中联络北府军残余兵将，准备讨伐桓玄。
公元404年，刘裕聚集了北府军残兵1700余人起义。
虽然刘裕起兵只有这么点人，可是这群北府军战斗力超乎寻常，居然真的将桓玄赶出了建康。
桓玄最终在逃入蜀地途中被其部下所杀。
同时五斗米道的卢循趁机攻占了广州。
但是这时的刘裕致力于清除桓玄的残余势力以及稳定东晋的政治局势，无暇顾及远在广州的卢循，只能暂时招安他。
此后，刘裕拥立了傻皇帝司马德宗恢复帝位。
东晋虽然已经烂到了骨子里，但此时篡位明显过早，刘裕的力量也还不够强大。
于是刘裕也开始了北伐。
借北伐之名收拢兵权资源，快速壮大自己。
公元409年，刘裕北伐灭掉了山东的南燕。
南燕是北魏击败后燕以后，慕容鲜卑从后燕分裂出来的政权。
北魏则是拓跋鲜卑，就是拓跋猗卢建立的代国，后来被前秦所灭，前秦崩塌后拓跋氏复国建立北魏。
刘裕灭掉南燕收复山东后，又回国消灭了国内的叛乱。
卢循乘刘裕北伐时，率军向建康进攻，刘裕亲率精兵赶回建康，击败卢循，411年，收复广州。
412年，刘裕又攻破江陵城，杀割据者刘毅。
413年，刘裕遣将军朱龄石收复成都，杀割据者谯纵。
415年，刘裕遣将军王镇恶攻克襄阳，驱逐割据者司马休之。
刘裕掌权以来可谓是南征北战，忙得脚不沾地。
东晋近年来的分裂和造乱势力，也在刘裕的努力下全部统一了。
这时的刘裕早已逐渐掌控了东晋朝政，力量也已经强大到无人可制。
但他这时还是没有选择篡位，而是借着东晋朝廷的号召力，继续北伐收复国家沦陷的故土。
公元416年，刘裕率军北伐姚氏统治的后秦。
一年时间里，刘裕大军沿途收复滑台（今河南省滑县）、许昌、洛阳等重镇，后又攻破长安，灭了后秦国。
诸多战绩可谓攻无不克，威震四方。
回国后，刘裕也终于迈出了那一步，决定篡位称帝。
不过这其中还有一个小插曲，他杀了那个傻皇帝司马德宗，且弑君之后没有直接称帝……】