在宁静的真新镇，大木研究所就像一个神奇宝贝的乐园。
这里生活着各种各样的神奇宝贝，它们在大木博士和助手们的悉心照料下，快乐地成长着。然而，最近研究所里却笼罩着一层神秘的阴影。
每天夜晚，当月光洒在研究所的屋顶，一阵阴森的低笑声便会悄然响起。
那些住在研究所里较为弱小的神奇宝贝们，总是在半夜被吓得瑟瑟发抖。
蚊香蝌蚪们会紧紧地挤在池塘边的角落里，小拉达们则躲在自己的洞穴里，不敢发出一点声音。
大木博士和助手信介一开始并没有察觉到这异常的情况。
白天，他们看到一些神奇宝贝们无精打采，以为是这些小家伙们前一天玩耍得太过尽兴，所以才状态不佳。
直到有一天，大木博士在巡视研究所时，听到了角落里蚊香蝌蚪们小声的抽泣。
“怎么啦，小家伙们？”大木博士温和地问道。
几只蚊香蝌蚪神色非常慌张。
大木博士这才意识到事情有些不对劲，可他一时也摸不着头脑。
这时，恰好小智带着皮卡丘和伊布来研究所看望大木博士。
小智听说了这件事，立刻自告奋勇地要帮忙调查。
“大木博士，我和皮卡丘、伊布一定会把事情查清楚的！”小智信心满满地说。
大木博士笑着点点头：“那就拜托你了，小智。可一定要小心啊。”
小智带着皮卡丘和伊布在研究所里四处寻找线索。
他们检查了每一个角落，询问了每一只可能知情的神奇宝贝，可依旧一无所获。时间到了晚上，小智决定在研究所里守株待兔。
他和皮卡丘、伊布躲在一个隐蔽的地方，眼睛紧紧地盯着四周。
夜越来越深，整个研究所一片寂静，只有微风吹过树叶的沙沙声。
突然，一阵阴森的低笑声传来，三个黑影从黑暗中缓缓浮现。
小智定睛一看，原来是三只鬼斯！它们那黑色的身影在月光下显得格外诡异。
“皮卡丘，伊布，准备战斗！”小智低声说道。
皮卡丘立刻全身蓄满了电力，脸颊上闪烁着黄色的电光；伊布也弓起身子，眼神中透露出警惕。
然而，鬼斯们似乎并不打算正面交锋，它们发出一阵怪笑，瞬间消失在了黑暗中。
小智不甘心就这样让它们溜走，他闭上眼睛，集中精神，试图用自己的波导之力来感知鬼斯们的位置。
在波导之力的作用下，小智渐渐捕捉到了鬼斯们飘忽不定的踪迹。
“我找到它们了！”小智兴奋地喊道，带着皮卡丘和伊布朝着鬼斯们的方向追去。
经过一番追逐，他们终于在研究所的地下室里再次找到了那三只鬼斯。
鬼斯们看到小智他们追来，也不再躲藏，准备展开一场战斗。
伊布打出了高速星星。