两株宝药到手，时间已经两个月过去。沈飞和完颜萍的行程也没有原来那样急匆匆了，开始在浙江各地慢慢闲逛。这次出来是关于医药方面的事情，沈飞顺便想验证一下后世一个中医的说法。李明珍《本草纲目》中提出“古今异制，古之一两，今用一钱可也”，成为此后医家用药的剂量的标准，明代一钱大约37克，民国一钱约31克，连现代《方剂学》教材都按这个标准以1两3克折算张仲景《伤寒论》里的剂量。直到八十年代汉代大司农权出土，搞清楚了汉代一两的份量，发现了这个问题，才引起了对李时珍的怀疑。被诟病者称为“从李时珍一直错到中国药典”。
也就是说以李时珍的说法为标准，从明末开始《伤寒论》经方里使用的剂量只有原方的十分之一，药效可想而知。明末是大瘟疫爆发的时候，沈飞化装连换了几个面目在民间行医，找了一些病人试了试，按《伤寒论》原方剂量用药效果如神，而按李时珍的标准把剂量减到十分之一则根本无效，后世中医的怀疑没错，确实是李时珍误导了用药剂量。
沈飞犹豫要不要点破一点，想了想还是放弃了。既然决定了旁观，就不要过度插手一些事情，否则单凭沈飞和完颜萍两个人就可以杀穿整个清军。崇祯六年明末大瘟疫就会在山西爆发，医生们就是治疗这次瘟疫时发现《伤寒论》的经方不管用了，另寻对策，这才从吴有性《瘟疫论》开始催生了温病学，到后来经过叶天士、吴鞠通等人发展，成了中医一个重要分支。
而且吴有性对瘟疫形成的原因“疹气”与现代病毒概念一致。薄珏制作玻璃镜继续钻研下去，或许再过些年就能制作出显微镜，确定能发现“疹气”。一次大瘟疫爆发和医治，能促进医学和科学重大进展，沈飞想着还是不要打乱这个过程了，只需要兜底，确保一些重要人物在瘟疫中的安全，不至于使局势恶化就行了。
在浙江行医闲逛的过程中，听到一些茶馆酒楼书院的议论，没有想到吴昌时卑劣小人，胆大包天，策划了焚烧玄武湖黄册案，甚至找倭人刺客南京户部尚书兼管吏部的郑三俊，还有平时秘宅养一些美女招待各种官员进行性贿赂的事情，还看到一些小册子和说书人到处宣扬这些事情，不过比较零碎，拼凑不出事件的全过程。
玄武湖在南京，遇刺的郑三俊也是南京高官，加上董应举说的制作饾版拱花的刻印专家吴正言也在南京，崇祯派阎应元南下整顿南京锦衣卫和京营，还有要收拾的左光先和陈洪范两个人也都在南京，南京是整个事件的中心，有很多重要人物在那里，看来只有去南京才能了解的事情的来龙去脉了，当下沈飞和完颜萍两人又迅速赶往了南京。
一到南京就先见到了阎应元，阎应元在第一次登场遇到崇祯时就看到过沈飞和完颜萍在场，知道两人也是崇祯的核心亲信圈子里的人，得知沈飞想了解吴昌时案情，就又像他介绍了钱谦益，讲述起了事件的过程。
钱谦益刚到南京第一天，就遇到了玄武湖黄册被烧事件，火势遍及岛上各处房屋，明初到现在两百多年的黄册全部被烧，岛上有负责定期晾晒黄册的五十个南京国子监监生、三十个办事吏员、三十七个水兵、两个医生，算赶来将近三百多人，这些里有很多不会水不能跳湖逃跑的，被烧死烧伤几十个人。
虽然黄册两百多年都是照抄胡编，但是毕竟是国家重要档案，更别说死伤这么多人，已经算是泼天大案了。在场的吴昌时说前几天冒辟疆应邀去阉党余孽阮大铖家里喝酒看戏，就听阮大铖酒后说现在要人口普查，后湖两百多年的黄册都没用，一把火烧了最好，一定是阮大铖指使人干的。
这案子如果深入调查岛上将近三百人没有死的一一询问不知道要多久，下午又出现一个大案，南京户部尚书郑三俊从玄武湖大火现场回来，骑马回户部衙门时，刚一下马就被埋伏在街边屋顶上的刺客打了一鸟铳，击中肩部靠近脖颈处，南京从来没有出过这样的事情，当时郑三俊身边都是一些文职的师爷和衙役，惊慌间只忙着救护，没人注意凶手的去向。不过已经又传出风声说又是阉党余孽干的，要在南京制造变乱，先在玄武湖黄册库房纵火，接着又刺杀郑三俊。郑三俊现在正在昏迷中，死活还不知道。
钱谦益不想陷在南京的案子中，提出先到昆山去看看。那里离张溥和张采的故乡太仓很近，算得上士子势力核心地区，汪汝淳也同意了。阮大铖这时不太南京，他的宅子当天已经被南京士子围攻过一次，他女儿阮丽珍以当众自杀威胁才逼退了众人，钱谦益在外围看见了。当晚临走前交代王世德保护一下阮大铖宅子和阮丽珍的安全就先去了昆山。
刚到了昆山就遇到退休阁老顾秉谦被当地士人和乡民围攻，八十多岁弃家逃走，宅子都被烧了，顾秉谦当过魏忠贤的走狗，天启六年辞官回乡，自然被当成了阉党。打听后得知之前有书生来拜访县令秦士奇，说要建立复社，在苏州举办尹山大会，想先整治一下顾秉谦立威，整肃一下风气。
钱谦益和汪汝淳来了顾家宅子外面遇到秦士奇和一群士子，得知是秦士奇事先指点顾秉谦家人射到一艘船上去了。钱谦益诈问在场士子首领归庄和顾绛，果然是吴昌时指点的，又以赏银向在场乡民打听出了传话是一个叫成林的士子，又打听出一个重要消息，吴昌时联络松江府当地秀才彭雯，最近联络乡民帮忙，要煽动百姓赶走执行战时政策的知府方岳贡。不过方岳贡在当地很有威望，这事要费些手脚。
两个又来到松江府找到了成林和十几年焚烧顾秉谦家的士子乡民，抓了赶来一通吓唬后问出了原来江南一些百姓和读书人对战时新政有赞同的意向，毕竟江南富豪税收很少，平时生活豪奢，贫民和穷书生日子却过得很紧。
朝廷多收税虽然未必能让贫民日子好过，却也限制了富者奢侈生活，贫民心里舒服平衡了一些。吴昌时谋划让江南贫民为他所用，煽动惩戒阉党余孽，焚烧抄掠他们的房屋，发泄贫民戾气，转移仇恨对象，显示力量。
之后又找到松江知府方岳贡打听当地有什么麻烦事，方岳贡说松江有个经营标布的巨商陈宗裕最近上吊自杀了，留下的遗书又含糊其辞，没有说清楚自杀原因。他手底下的雇工和乡游打砸，说是被朝廷新政苛税把陈宗裕逼死，昨天还包围了本地课税司，方岳贡好不容易才暂时安抚住，听说还会再闹起来。
钱谦益追问陈宗裕死因是不是真有征税有关，方岳贡否认说新政税收虽然多，也是从商家盈利中比例抽取，没有到难以承受的程度。方岳贡和陈宗裕见过他，他对税收新政没有多少不满，反而是商人中对新政比较支持的。如果说是新政的原因，其他抱怨的没事，他反倒是上吊，说不通。
总算方岳贡在松江当地办了些实事，有些威望，才暂时安抚住了民众，否则现在已经出了大乱子，只是事情还没有平息，陈宗裕手下的织布工匠和接济近的穷人，现在还群情激奋，稍有煽动，就会再聚集起来，方岳贡这几天一直提心吊胆。汪汝淳问起松江司宣化司的作用，方岳贡说宣化司里的童生和生员和那些煽动百姓的生员大多有来往，怕惹上污名，在这件事情上不怎么出力。
钱谦益问起陈宗裕死前见到过什么人，在追问提示下，方岳贡回忆起四十多天前，鼓雯、李宾两个几社成员和陈宗裕见过面，在场的还有远道而来的吴昌时。钱谦益找来彭雯和李宾询问，两人提到陈宗裕自杀是因为新政苛税的原因是他夫人吴瑛说的。
吴瑛的父亲、常去的尼姑庵的庵主和吴瑛本人都先后叫了来，询问后得知吴瑛和吴昌时有私通，又和彭雯经常和庵中相会。吴瑛说陈宗裕的父亲本来是海盗汪直手下，做假倭时杀人成百上千，抢劫了不少财富，汪直死后还继续跟其他真倭掠杀百姓，倭寇被剿灭后才洗手不干，改名换姓潜伏回来冒充良民。
陈宗裕就是用他父亲做假倭时抢来的财富作本钱才成了巨商，这事是陈家的秘密，陈宗裕前一个老婆就是因为知道了这个秘密，一次和陈宗裕争吵时说要告发，被陈宗裕杀了，假称是病死的。吴瑛跟陈宗裕久了，也知道了这个秘密，怕被灭口，就把事情透露给了来访的吴昌时，如果吴瑛死了，吴昌时就会告发。
吴瑛家本来在嘉兴，小时候和吴昌时是邻居，视他为长辈。结果吴昌时告诉了他陈家的秘密以后，就威逼要吴瑛和他私通，否则就把事情泄露出去，吴瑛被迫答应了。不过在陈家的日子倒是好过了很多，陈宗裕不敢再打骂吴瑛，反而事事巴结。
吴瑛想着反正已经与人私通，就索性及时行乐，和未婚时有好感的鼓雯又私通了。陈宗裕在胁迫下，安排他们在陈家旧人当庵主的尼姑庵幽会。陈宗裕自杀也是因为受到了吴昌时威逼胁迫，陈宗裕的父亲是假倭，经常去日本，和一些日本浪人熟悉，后来不干海盗了以后，也带陈宗裕去过日本，陈宗裕也认识一些日本浪人。
这次吴昌时托陈宗裕雇佣日本精通鸟铳的浪人，到南京刺杀官员。这浪人先住在陈家密室里，刺杀之后又回到松江陈家躲避，然后再找机会回日本。只要刺客回了日本，刺杀案件就无法追查了。
吴宗裕开始不愿意，不过有把柄抓在吴昌时手里，在吴昌时反复威逼下，只能答应了。却又提心吊胆，怕刺杀朝廷官员案发后，会牵连到家人，有一个八岁的小儿子被他看成珍宝，加上这几年肚子里生了一个大肿块，日夜疼痛难忍，索性就自杀了，想法就算案发，他已经畏罪自杀，或许就不会牵连到他儿子。看彭雯和李宾的神情，他们也是知道内情，参与了吴昌时的密谋的。
吴瑛交代出那个日本刺客正躲在和陈家有地道连通的尼姑庵地下密室里，顺线索在尼姑庵里抓到了日本刺客石田介，审出确实是陈宗裕出钱指使他在南京户部衙门附近行刺官员，不一定打死，打伤就可以。
钱谦益和方岳贡指挥查抄尼姑庵和陈家，藏在陈家密室里当年抢劫的金银珠宝和古董珍玩以外，光是后来经商的资产就折银八十三万两，密室藏宝估计折银也有四十万两。钱谦益决定有一百万两在松江试点开办官办钱庄，十万两作为当地课税和宣化司的活动经费，剩下十万两用来赈济松江本地的雇工和贫民。