沈飞请来秦九韶本来是打算让他参与设计改进宋代系和明代系的各种武器，没有想到和黄药师与秦九韶一说自己的一些战车和配合火器的战术思路，秦九韶先提出了对于战车的改造意见，给了沈飞很大的启发。
明代首先建立车步骑营作战的是俞大猷，谭纶曾奏议中承认“能尽车战之法，实惟俞大猷一人，即臣与戚继光皆自以为不及”，俞大猷得知要在北方建立车步骑营，也搜集了历代战车样式，按自己的经验修改，让工匠制作成小模型送给谭纶作参考。
俞大猷在大同建立车步骑营取得战果以后，后来也在京营建立车步骑营，和戚继光相同的是，两人都主张战车和火器同用，以战车阻挡骑兵，以火器杀伤敌军，攻守兼备。不同的是俞大猷制作的战车是正厢车，车厢在正面，利于进攻。而戚继光制造的战车是偏厢车，车厢在侧面，利于防守。火器轮番洗地加近战鸳鸯阵肉搏击溃敌军以后，骑兵出动追击歼敌。
沈飞是打算采用戚继光的编制和战术，却也和秦九韶提了一下正厢车的作用，商量是不是也建立了一个正厢车营辅助作战。秦九韶经过思考却提出可以改造战车，车厢档板改成可以活动，加一个转轴就可以，按作战需要，随时转变车厢档板的位置，防守时档板在侧面就是偏厢车，需要进攻时把车厢档板转移到正面就是正厢车。就像房间开门和关门一样，关门时门在正面，开门时就到了侧面，沈飞一拍脑袋，这么简单的设计之前居然没有想到，赶紧下令改建。又和秦九韶商量了一下，为了利于进攻，增加机动力，增加了一个车轮，成了三轮车式，方便战车行进和转弯。
那支仿“泼喜军”的机动速射投石机部队，经过和秦九韶黄药师及一群工匠商量和反复实验，取消了配重，采用了希腊式的扭力弹簧发射，也设计成浮臂式减小体积，重量不到五十斤，装卸方便，也就取消了骆驼，一个人就能抬着走。三个人操作一台，两人绞盘，一人装弹点火发射。发射的铁壳火球射程一百步，这个射程还不如骑兵营装备的虎蹲炮，作战时当然也是布置在车城中用作野战，也和虎蹲炮一样骑兵下马操作使用。
沈飞现在势力已成，办事也就少了一些顾忌。除了四川的井盐生意，已经开始联络山东的杨妙真，实行在第一个世界就干过的煮盐，还是技术入股和杨妙真瓜分利润。即便被蒙古人学会技术也不怕，沈飞提供的技术只是比市面上的盐稍好一些，且不说北方没有几个靠海可以煮盐的地方，即便效仿，只需要用氯化纳饱和溶液多冲洗几遍晶体就能获得数量和质量都更多的盐，叮嘱杨妙真采取饥饿营销策略，控制出货量保证利润，万一被别人学去了技术再稍微提高一些产量和质量。赚取的利润陆续购买了陕西、甘肃地区的河曲马逐渐运回襄樊战区。除了经商，沈飞也通过杨妙真这条线搜集蒙古方面的情报。
武林中人，书院和葵花卫以外，沈飞倚重最多的就是黄药师，也用交换桃花岛武功的名义把全本《九阴真经》给了黄药师，不仅商量武器的研发，还把一些军事战术思想和黄药师交流，使黄药师成为一个重要的作战参谋，沈飞的计划是黄药师必须具备取代自己指挥全军的能力，耶律齐和沈飞的几个亲传弟子也都是军事上重点培养的人才。
原因是新修版通过梅超风的回忆写了黄药师的身世和反宋思想，黄药师祖上是宋朝开国公侯，在五绝中家世仅次于南帝。祖父是宋高宗年间的御史，因为多次上书并且掀起民间舆论营救岳飞被高宗和秦桧杀害，家属流放云南，“他从小就读了很多书，又练成了武功，从小就诅骂皇帝，说要推倒宋朝，立心要杀了皇帝与当朝大臣为岳爷爷跟太师祖报仇”，是政治上和军事上最可靠的盟友。
欧阳锋出身西域，和南宋更没有关系，他虽然已经是孤家寡人，但是专门培育毒物和生化武器，对自己的帮助之大仅次于黄药师，沈飞也把五宝花蜜酒的配方共享给了他，和他一起敲定了加入新的毒物使功效翻倍的新药酒配方，经过欧阳锋同意，沈飞也把化尸粉加入了车骑营火器的专用火药里增加威力。
蛇类生长到成熟一般需要两三年，菩曲斯蛇这类异蛇则要慢一些，五年才能长成，山谷中原来有菩曲斯蛇200多条，再过一年数量就能翻倍，五彩雪蜘蛛倒是已经有了三十多只，沈飞只是取了毒液和蜂蜜釀制新版药酒，蜘蛛继续留给欧阳锋培育繁殖。本来沈飞曾打算和欧阳锋商量把蛇毒也掺进火药里，转念一想，蛇毒涉及欧阳锋的核心机密，而且中毒后能把人变成半丧尸化流毒无穷的效果过于恐怖，火器是要批量制造的，万一这种火器流出一批到了敌人手里对付自己人就大大不妙了，最终打消了这个念头。火器里掺的还是霍都的毒钉，李莫愁的冰魄银针这类配方比较“常规”的毒药，虽然霍都的毒钉蒙古人可能有解药，可是在战场上也是来不及解毒的。
洪七公在追杀藏边五丑时虽然也让丐帮弟子在陆家庄大会上传话秉持忠义舍身抗击蒙古，不过当时丐帮弟子互相议论的话里的意思也说南宋朝廷官员不可靠，抗击蒙古还要靠他们自己。而且洪七公外号“北丐”，丐帮的势力主要也是在北方，本人也曾经潜入南宋皇宫偷吃美食，从这些迹象也能推断出洪七公和丐帮都并不重视南宋政权。慈恩曾经的政治立场当然更甚，但是他们除了武功是五绝级的以外，其他方面的才能和黄药师比起来相差太远，除了武林中的事沈飞基本上不会麻烦他们。
虽然增强战斗力的主要思路是加强火力覆盖，不同射程的火器梯次打击，但是敌军接近时奇兵出车进行近战肉搏的战术也需要进行考虑。近战的主要思路是用腰刀和夹刀棍砍马腿，敌军落马后用长枪、镗钯、钩鎌枪刺杀落马敌军，这种战术也和岳家军破拐子马的战术一脉相承，在小说中也能找到几个例子，一些江湖上算不上高明的地躺类武功往往会有奇效。《天龙》里萧峰遭遇辽国叛军围攻时使用过这种武功，《鹿鼎记》里林兴珠讲述当年对付红毛兵时也用过这种武功砍人脚的战术。
沈飞是精通刀法和棍枪的，黄药师也专门为傻姑自创过易学的三招鱼叉法，鱼叉和枪钯都是刺击类的武器，招式也能相通，就联合设计了一套简洁的近战武功传授给奇兵练习配合近战。每一个车兵都是既操作火器也兼用冷兵器的多面手。
在改装战车过程中，先进行个人训练火器打靶和武功搏杀技巧，三个月以后战车改装完成，就开始按编制由小到大进行营阵训练了，校场训练和出城野外训练各占一半。为了保密，对一部分武器缩减的威力，投石机扔出去的铁壳火球用了南宋官方版本，或者干脆就是石弹。仿黑尔火箭的战斗部不装或少装火药，改成了同等重量的沙土，变成了“教练弹”，试验仿黑尔火箭射程也是用这种“教练弹”，对外宣传说大威力火药需要加入珍稀药物，配制不易，数量有限。
除了武林中人，在官方和民间沈飞也悄悄开始了布局，或者通过吕氏兄弟的官方关系排挤打击异己，或者通过葵花卫及外围势力暗中下手，把一些成事不足败事有余的家伙直接免官或者干脆暗中除掉，比如后来逼反刘整的俞兴，反正这类人现在还远没有到位高权重的地步，提前拿下也不会引起多少波澜，贾似道稳固地位的高光时刻都要到1259年的鄂州之战，也就是小说最后襄阳大战那一年。像谢枋得、文天祥、陆秀夫这些人，也提前查访悄悄地收进书院里。
黄蓉虽然是丐帮的“前帮主”，也可以利用丐帮的情报网络搜集一些江湖上的消息，察觉到了沈飞的一些动作，马上就猜出了沈飞的意图，和郭靖一商量，就找到了沈飞直接询问沈飞是不是有踢开甚至取代宋室的意图。
沈飞也没有隐瞒，直接承认了，说：“宋室在百多年前就抛弃了北方国土和汉人，北方早就已经没人怀念宋室，至于南方，黄岛主年少时的志向，黄帮主不会不清楚吧？郭大侠的父亲也是死于宋将段天德和完颜洪烈勾结。当初去军营见忽必烈时郭大侠说为保护百姓而战，不为昏君奸臣所用，我也一样。现在只是作些准备，清除一些于战事不利只会拖后退的蛀虫，在打垮蒙古之前，我是不会对宋室出手的。二位既然猜到了，明白就好。不要泄露风声，否则我只能提前动手了”。
郭靖和黄蓉听了这话沉默了一阵就离开了。话既然已经说开了，沈飞也找来了完颜萍、黄药师、耶律齐和几个亲传弟子，把自己的这个意图提前在小范围里和他们通了气，获得了众人尤其是黄药师的大力赞同，沈飞也把三尸脑神丹解药给了完颜萍，两人共同掌控葵花卫，承诺事成之后会给予彻底灭杀尸虫的解药。
转眼五年过去，这几年四川战线，开采出来的石油也多次被用于军事，战术很简单，就是用各种木盆、木捅把石油泼到敌军中再扔各种火器，加上沈飞暗中传播过去的加了料的火药制作的火器，蒙古攻击四川的大军伤亡比历史上惨重了好几倍。最意外的是，这一年蒙古大汗蒙哥亲自统帅大军围攻四川嘉定（乐山），被多枚加了料的铁壳火球击中受伤，过了几天中毒太深死了。消息一经传出，南宋士气民心大受鼓舞。蒙哥居然提前七年挂了，地点也改成了嘉定而不是钓鱼城，这个也让沈飞很意外，不知道算不算是帮了忽必烈一个大忙。
通过杨妙真打听了一下，原来这一仗蒙古大军的统帅本来是汪德臣，忽必烈建议由他率领一支大军先攻大理，再前后夹击四川，蒙哥觉得这个计划很好，增加了兵力，亲自统兵进攻四川，才和汪德臣双双死于嘉定城下之战。沈飞暗叹虽然不是在钓鱼城，这两个还是没有改变同死的历史宿命，忽必烈提出这个两面夹击的作战计划多半就没安好心，也是这个作战计划确实有理，否则也说不动蒙哥。又过了一年，余玠在四川还是突然去世。沈飞知道这又是一个难以拉拢的历史大佬，就没有提前对他的那些政敌下手，暗中一声叹息，指示葵花卫除掉在四川与余玠有过节的姚世安，安插自己影响控制的人填补了这次政治斗争的空缺位置。
从杨妙真那里打听来了消息，本来这一年忽必烈是要统帅大军进攻大理背刺四川的，因为蒙哥突然战死，就放弃要回去争夺汗位了，沈飞知道忽必烈果然是忽悠蒙哥的。不过这个攻击大理的计划倒是和历史上的时间吻合，历史上大理被攻灭是在1253年，小说里则是在最后襄阳大战前不久，大理国灭时正是襄阳英雄大会鲁有脚遇害，耶律齐当选新帮主，小说最后的情节提前上演，大理算是逃过了一劫。沈飞估计忽必烈夺取了汗位重整旗鼓卷土重来时就是自己和他的最终碰撞了。只是不知道时间会不会还是小说里的襄阳大战，历史上的鄂州之战，1259年。