起初，人们不以为意，各国还是互相打仗，直到事态再也无法控制，人们才意识到，放任这些由神谕细胞构成的生物进化下去，有多么可怕。人类，很可能会被些生物给灭绝。面对这种威胁，各国终于联合了起来。他们共同研究强大的武器，用来对付这些危险怪物。
可是，有些错误一旦犯下，就无法挽回了。这些生物，表面看上去杀死了，可是他们的身体细胞仍有活性。有活性的神谕细胞会自动脱离主体，重新组成新的个体，甚至发生进化。
人们意识到，这些东西杀不死，也杀不完。人们面对这些生物的侵袭，只能维持相对平衡的状态。
克雷斯星球上的人，平均寿命很低，只有不到几十年。为了对付神谕生物，研究人员将神谕细胞和人体结合，从而提升力量来使用他们研究的弑神武器。结果，好多参加战斗的青年，未成年就死了。有战死的，也有被自己体内的神谕细胞吞噬的。双方的平衡，渐渐向神谕生物倾斜。
为了解决培养的战士跟不上战斗消耗的问题，一个叫卡尔萨斯的人研究出了一个可以进行神经链接的超级计算机主机——玄冥。人们的意识可以通过神经链接进入玄冥，到时候，意识可以再利用玄冥控制身体。玄冥还可以将人的意识以数据的形式保存起来，这样一来，只要玄冥存在，人的意识就不会消失。只要将人的身体改造成半机械状态用来储存意识，战士就可以重生。
玄冥科技诞生后，战场上，半机械战士就代替融合了神谕细胞的战士，人类从此稳住了局面。
卡尔萨斯本以为，从此克雷斯可以进入半机械文明时代，可是各国领导却觉得，那些半机械战士太过危险，结果卡尔萨斯的研究，就遭到了各国的反对。卡尔萨斯由于不甘心，便领导着跟随他的一小部分人，发起了一场机械战争。
当时的一千多年以前，天神星域天神文明内战结束，冥王被放逐到宇宙当中。几百年后，冥王漂流到天河系，发现了天使文明。冥王一开始想要统治这里，可是天使战士太多，冥王最终失败。
冥王在发现了天使的强大后，便用诡计，骗天使女王希德·妮亚带宇宙舰队征讨天神星域。结果，宇宙史上两个相距三十多万光年，除了发源地一样，其他毫不相关的文明，就这样开战了。宇宙史称，第一次宇宙神战。
不过，第一次神战并不是很激烈，因为天神文明无心开战。只是，由于冥王从中作梗，导致双方纠缠了两年。好在最后，希德妮亚和当时的神王玉曦，识破了冥王的阴谋，第一次神战就此终止。
之后，双方化解了仇怨，决定一起审判冥王，可惜冥王趁机逃走，后加入恶魔舰队。
后来，天使利用虫洞，在天河与神河两个星河之间建立起了宇宙空间传送通道。从此，两个文明之间可以互相往来。
从那以后，神王玉曦和希德妮亚，分别将王位传给了龙羲和爱尔兰·希德·问雅。至于他们两位，则踏上了探索其它星河的宇宙征程。
当时，玉曦带上了上万天兵神将，五百太空战舟，希德妮亚女王也带了上千天使，以及上百艘天使战舰。双方一起探索其它星河，在近千年时间里，发现了不少智慧文明。
在希德妮亚女王和玉羲神王一起探索其它星河的时候，天河系的天使舰队也在扩建传送虫门，探索其它恒星系。在此期间，天使偶然发现了克雷斯星球，当时克雷斯星球上正处于战争时期。那正是卡尔萨斯发起的机械战争。为了帮助他们，天使决定入驻这颗星球。
在天使的帮助下，卡尔萨斯发起的战争被镇压，人们也清除了大多数的神谕怪物。卡尔萨斯眼见不妙，便带着玄冥科技和一部分神谕细胞，搭乘太空船逃离了克雷斯，直到被当时正在宇宙中逃亡的冥王发现。
当时冥王已经掌控了嘉娜维亚的恶魔势力，沉睡在玄冥中的卡尔萨斯带着克雷斯星球的星球的科技在宇宙中流浪，正好被他们发现。不久之后，冥王带着舰队来到银河，开始慢慢发展。后来卡尔萨斯通过研究恶魔科技还有冥王的力量，建立冥界，又在银河系中央巨型黑洞处，建造了超级银河空间站，用来监控整个银河。
冥界是通过玄冥计算引擎，在暗位面建立起来的次元空间。要进入冥界，需要将生命体的身体物质分解，形成原子形态构成的信息能量团，再利用微虫洞穿梭到冥界，通过超级计算机将能量团在冥界重组。从冥界出来也是用同样的方式。
至于卡尔萨斯的玄冥计算引擎，后来被改造成了玄冥之棺，成为了冥界的大门。从那之后，卡尔萨斯就将数据意识保存在冥界，在外成为了没有实体的存在，被战士们称为虚空死神。
就这样，冥王，死神卡尔，恶魔女王嘉娜维亚，他们在银河系悄悄发展，建造了大量空间站，培养了大量的战士。
之后不到一千年，天使舰队在银河系发现冥王舰队，冥王便开始和天神以及天使，进行了第二次神战。
第二次神战，持续了百年。由于神和天使准备不足，加上恶魔军团有意埋伏，战争刚开始，玉曦神王便陨落了。剩下的天兵神将付出的很大的代价，才掩护天使部队撤离。
之后，希德妮亚女王让一位天使带着活下来的神将去搬救兵，希德妮亚女王自己和剩下的天使与恶魔军团周旋。十几年后，当神王龙曦和爱尔兰·希德·问雅女王率领部队来增援时，希德妮亚女王早已经阵亡。战场上的天使小队，也只剩下不到五十人。
后来，恶魔舰队节节败退，天使占领了一个又一个空间站据点。最后，卡尔萨斯和嘉娜维亚的突然抛弃冥王，带舰队撤离，冥王就此败亡。
后来，天使舰队来到嘉娜维亚的空间站据点，和恶魔军团对峙。卡尔萨斯趁机让机械军团赶到附近包围，准备征服所有人。
原来，卡尔萨斯之前一直通过冥界培养他的机械军团，准备在最后时刻，征服所有人，建立他自己的银河帝国。
卡尔萨斯的野心暴露后，当场惹怒了嘉娜维亚。在天使舰队与卡尔萨斯的机械部队大战时，嘉娜维亚告知问雅女王，卡尔萨斯的意识数据藏在冥界，而冥界的大门，玄冥之棺，被他藏在银河中央那巨型黑洞处的超级银河空间站中。之后嘉娜维亚就带着残余不多的部队乘飞船逃离了现场。
当时卡尔的机械部队数量虽多，可是战斗力一般，结果全军覆没，自己藏匿的位置也嘉娜维亚暴露。卡尔萨斯只好带着玄冥之棺，从超级银河空间站转移，后来被问雅女王带人一直追击。
可惜当时夜阳的舰队突然介入，问雅女王在追击卡尔萨斯时，被夜阳麾下围困，卡尔萨斯当场选择加入夜阳舰队。最后问雅女王为了阻止那些人的战舰进行空间跳跃，自身撞入战舰能量，和战舰同归于尽。
后来天使和神将各率小队追击夜阳时，曾经追赶到地球星，发现了这里的生命。这颗星球已经出现了智人，未来也会诞生智慧文明。
当时，一些神将和天使选择在附近的星域驻守休整。龙羲则带领剩下的战士征讨源河。
后来，天使们和神将经过商议以后，决定留下一些人继续驻守银河系，同时研究在地球发现生命，观察地球文明的发展。之后天使在地球暗位面，建造了一个和冥界类似的空间据点，天空之城。他们就这样默默观察地球文明发展，一直到现代。
如今，天空之城创造了七个超级战士，让他们在现代环境下长大。本故事，也就从这里开始……