除编入渡淮军残部外，还捡选千余健勇，凤离营由战前的五营三千正卒，扩编到十营六千卒，为淮安府正式驻军，主要驻扎在山阳、泗阳。
林缚调曹子昂北上，担任淮东制置使司行军左司马，代他节制淮安府军政事务。
驻军虽以宁则臣为主将，但除驻防外，林缚在山阳县还要设初等战训学堂、伤病营、军储仓库、另派驻水营。
黑水洋航道的运输量还有限得很，洪泽浦以东的淮河水道恢复后，就要充分的利用起来。三五百石裁量的小型粮船，就可以直接从淮口运粮出海，前往胶州湾，进入胶莱河北上。
利用淮河水道进行漕粮运输、利用巡检司进行军屯、打击私盐以及与地方官员及乡绅势力沟通、与刘庭州打交道，与孙壮等渡淮军左营的流民军降将们打交道，都需要调曹子昂来独挡一面。
当然了，将秦承祖留下来也合适，不过林缚更需要秦承祖以长史的身份留在身边，出谋划策。
到九月下旬，淮东制置使司府的官员体系、军制也正式确定下来，江东左军自然也成为历史名词，要改称淮东军了，以崇州为治所。
林梦得、秦承祖出任淮东军左军长史，曹子昂、傅青河任淮东军左右行军司马，孙敬轩、胡致庸、孙敬堂等人为诸曹参军。
淮安设泗阳、淮沭、淮口、白塘埔、浦北、浦南六巡检司，崇州设鹤城、九华、江门、西沙岛四巡检司，又在泗嵊增设泗嵊巡检司，加上海陵府境内的三处巡检司，淮东军共直辖十四个巡检司。
淮东军下设步军司、马军司、水军司、工辎营。
林缚兼任步军司统领，下设左军中前后五军。
凤离营也正式编为淮东制置使司步军司左军凤离营，以宁则臣为步军司左军指挥使，编二旅十营六千卒。
长山营编为步军司右军长山营，以敖沧海为指挥使，编一旅五营三千卒。
亲卫营编为步军司中军亲卫营，以赵虎为指挥使，编二旅十营六千卒。
崇城步营编为步军司前军崇城步营，以周同为指挥使，编五营三千正卒。
同时将渡淮军左营改编为步军司后军，以孙壮为指挥使，编二十营一万两千正卒。仅仅是编制上好看，名义上受节制，但既不听调，也不听宣。
周普任马军司统领兼任骑营指使司，编轻甲骑两营一千两百卒，甲骑两百卒。
林缚兼任水军司统领，下辖第一、第二、第三靖海水营，分为赵青山、葛存信、葛存雄为指挥使，另设孙敬轩为船政使，负责水营战船的督造。
工辎营以孙敬堂为指挥使。
这样，便大体勾勒出淮东军的框架来。
当然，海陵、淮安两府诸县所辖的县兵、乡军都要受淮东制置使司的节制。
林缚九月中旬，在山阳召见出任淮安府军指挥使的肖魁安与海陵府司寇参军吴梅久。
一是要求肖魁安，将淮安府军从原编的二十营裁撤成六营。除淮安城驻两营、山阳驻两营、沭阳、海州各驻一营府军外，其他各县皆不驻军，捕盗治安、城门检巡由县三班衙役负责，遇匪就近通告驻军。
淮安府军需接受行军左司马曹子昂的节制。
二是要求吴梅久，将海陵府境内的县兵乡军，也照淮安府军改编，编海陵府军六营正卒，多余兵卒，悉数解散归农。海陵府军由吴梅久来兼任指挥使，需接受淮东制置使司行军右司马傅青河的节制。
林缚以此削减地方兵权，更是要大幅缩减地方开支，这样，新增两万淮东军兵额的军费开支，不会给地方增加额外的负担。
虽说淮泗战事进入九月就基本结束，但陆陆续续的琐碎事务很多，需要林缚留下来处置。
数万流民军解散后的丁壮及数量更为庞大的家属，除少部人留在山阳县安置外，大部分都沿白塘河、清江浦、北官河南下到崇州去。就算十数万人的大军南下，也要十天八天才能走完这一程，何况都是组织性很差的流民丁壮及家属。
林缚一直到十月初旬，才从山阳动身回崇州去。