黑人船长墨菲斯，以及女主角崔妮蒂。
两人为什么会出现在这里，现在又是什么时间，剧情发展到哪一步了？
以问题，现在全部没有答案。
黑客帝国世界里有三种人。
第一种是从生到死生活在虚拟世界里的程序人类，第二种是前半在矩阵中，后半生从矩阵中脱离的电脑人。第三种是一出生就在锡安的纯种人类。
前两种人类，他们和矩阵，以及智械文明有非常深的联系，意识受过矩阵的影响，躯体接受过机器的改造。
无论是主角尼奥，还是墨菲斯等人，全部是电脑人。
墨菲斯是个权限很低的人物，他的作用是救出尼奥的身体，初步启迪尼奥，引导尼奥回到矩阵的电脑主机，交出身携带的密码。
墨菲斯来自于母体，他的思想局限于母体的安排。
到了后期，尼奥回到了万物之源，但是战争依然没有结束，所以墨菲斯整个人才蒙了。
这时候他才发现自己被骗了，他并不知道自己也是高级程序先知的一枚棋子。
自己所有的动作只是矩阵在自己潜意识中的安排，所以这个时候他的信仰崩溃了。
而女主角崔妮蒂是一个更悲催的人物。
她在矩阵中的权限比墨菲斯要高，她可以复活尼奥，是这次矩阵升级的关键变量因素，决定这尼奥的思想行动。
崔妮蒂和尼奥的爱情，产生了矩阵不可控制的行为。这种行为进一步加剧了人工智能机器的危险，最后尼奥通过自我牺牲达成短暂的和平协议。
崔妮蒂表面是一个自由人，其实是被高级智能程序先知控制的，思想的控制。
先知告诉她她会爱一个人，然后她就偷偷的在母体中观察尼奥。然后假装爱尼奥，然后真的爱了。
这种爱情是人类思维意识的奇妙之处，身为高级程序的先知和建筑师并不能真正的明白其中的意义，产生的行为也是他们两个不能控制的，所以才产生了尼奥的反面程序史密斯。
尼奥是电影的主角。
他的本体是个电脑人，和千千万个矩阵中的人一样，他的脑部是改装过的，他有人类的基因，电脑人的接孔，思想完全受母体的控制，他的所有行动都被母体记录下来。
在纯种人类世界中，他是被人怀疑的救世主，在锡安反抗基地并不是所有人都相信他，主流的议会就不相信他，强势的指挥官不相信他，即便是飞船舰长中，很多人依然不相信他。
尼奥身带着机械大帝和矩阵的所有权限，但是这种权限必须一步步才能得到，而且必须是有顺序有步骤的获得。
开始的尼奥就是个普通电脑人，浑浑噩噩的过日子。
在矩阵的虚拟世界里对于司的训斥逆来顺受。
晚思想千千万，早晨起来接着干，怀疑的思想虽然强烈，但是毫无作为。