第三步，是谓“共荣时期”，又谓“长治时期”，即真正的东亚共荣时代。
“明治时期”，皇军主要推行的除了汉语言教学及科举制度外，就是加强对京都朝廷的控制，并对日本政体和制度进行大改革。
计划中，将由魏公公本人和年轻的后水尾签订《明日议定书》，以确定京都朝廷和大明的正式关系。
这个方案在出台时遭到了近卫师团部分军官的反对，如第一联队长真田一郎、第六联队长李炎昭。
李炎昭提交《解决日本问题的根本方策》文稿，认为皇明对日本之征讨应当是全面的、彻底的，不留任何隐患的。
故皇军应当不断增兵日本，夺取京都之后立即进军江户，在控制日本这两个政治中心后立即向其余藩国进军，以皇军不可战胜的刺刀为皇明彻底解决百年倭患问题，同时亦拯救深陷幕府残暴之统治日本人民。
该文稿中，李炎昭强烈建议大本营不能承认京都朝廷，并要求在京都会战中尽一切条件实现对伪天皇之斩首。
理由就是天无二日，民无二主。
为了实现这一目标，近卫师团部分军官已经开始瞒着大本营，策划对京都的攻击。
大本营方面出于对日本的全盘考虑，以及皇军自身军力投放的实际能力，对激进军官的方案自是强烈反对。
“不扩大”是大本营目前对征日作战的总纲领。
参谋长官蒋西凤亲自发文就李炎昭所提交的方案进行了质疑，并要求近卫师团整顿军官思想，执行大本营既定作战方案以及制定的对日占领方案。
李炎昭的回文竟强硬的表示，第一军绝难承服“京都伪政权之存在”。
近卫师团长曹文耀虽是虎将，但在御下这一块过于仁义，显得有些婆妈，老想做老好人，所以针对师团所属各部的混乱意见，曹文耀竟然无法拍板而决，形成一个统一的思想，以致在会议时军官们竟然能够吵成一团。
官司便打到了魏公公这里。
为进一步阐明自己的意见，真田一郎、李炎昭联名上报了《新日本建立方案大纲》，该大纲核心就是提出绝不能满足于只建立亲明政权，如果仅建立一个亲明政权，便不能按帝国的意图行事。
魏公公就这份大纲批示：本来，将日本作为我帝国领土之一部，才是长策。但鉴于历史的渊源，目前急于付诸实施，有可能遭到日本国民的的物议和反对，增加皇军讨伐作战的辛苦，恐非贤明之举。
随后，魏公公下令训斥真田一郎、李炎昭等人，用词极其严厉。并指示葛三郎领导之菊机关立即进行对京都朝廷的“策反”行动。
在无法保证双方会面的情况下，公公指示菊机关必须保证后水尾及皇室、京都朝廷能够留在京都，不随德川秀忠逃往江户或其余地区。
日本儒学界秘密观察团离开后，一月上旬，魏公公从整个战局出发，认为同德川秀忠之幕府中央军主力进行战略会战的时机已经成熟，命令大本营制定了第一军北上攻击京都、有喜支队攻击池田、三田一线、学文支队攻击草津，采取“关门打狗”战法，务将幕府及近藩日军关在京都附近，各个歼灭的作战方针。
史称“统一的大决战”。