第一点就是教义的矛盾。
天主教义坚持上帝是最高权威，上帝面前人人平等，这和以将军为最高主宰、严分身份等级的幕藩体制完全不同，且完全抵触。
第二点就是天主教的排它性，天主教否定神佛信仰，认为上帝是天地万物之主，应该服从上帝，而不应该服从父母、主人、君主。
这对自称“神国”的日本和被尊为“天照大神化身”的德川统治者来说，更不能容忍。
此外，天主教反对日本武士的切腹、多妻制，都直接和日本统治阶级的传统对立。
这些矛盾点结合在一起，哪怕没有新教基督国英国、荷兰商人对西班牙、葡萄牙旧教天主教士的中伤，日本政府也绝不会允许天主教在日本继续发展。
便是放在大明，哪怕魏公公是庞麦臣大主教，他也不可能让天主教的旧教义在中国传播。
所以，改良天主教义，坚持中国化道路，否定天主教的排它性，将上帝与东方文明神话结合在一起，才能让天主教真正的为公公所用。
去年公公在北京南堂召开的中国化道路工作会议中，就教义改革公公曾经提出若干点。
“东风一定要压倒西风！”
“人口数量占据第一的皇明一定要在宗教领域盖过人口较少的族群。”
“和西方的交道过程中，我们必须清醒认识到天主教、基督教乃至各大教派于西方各国人民的影响，信仰这个东西我们不去争取，不去控制，不去把握，我们的敌人就会加以利用。”
正在编缉的《魏公文选》第六卷中有关宗教部分就引用了魏公的几次讲话。
私下里，魏公公更是毫不避讳的和郭居静等人提出，东方教区现在及未来唯一的奋斗目标就是将天主教世界的领导权接管过来。
“如果我们的教区面积最大，如果我们的信徒人数最多，如果我们的圣斗士们最强，为什么我们还要听从梵蒂冈的命令？”
“教宗、教皇又为什么一定要由西方人担任？难道东方人就不是上帝的子民了么？”
同样的道理引用在日本，也同样适用中国化（东方化）。
日本，是一个微缩版的中国。
魏公公很明确的对那几个日本天主教人士提出今后天主教应当和儒教、佛教、神道教融合，入乡随俗，只有争取到多数人的赞同，天主教才能为上帝争取更多的东方信徒。
“从前耶稣会的做法是错误的，我们必须纠正，如果继续从前的错误做法，对教士和信徒们的伤害就是无法挽回的。”
如果有可能，魏公公很想现在就出版改良版的《圣经》，但显然现在推出新《圣经》并不实际，因为东方教区现有的实力远不能和西方各教区相提并论。