于是，沈一贯给李三才写了封信，信中称归德公（沈鲤）来，内阁必有相争，于国事不利。你李三才和沈鲤是一党之人，不如你给出个主意，看看这事如何化解。
表面看来，沈一贯把李三才视作自家人，在向他咨询对策，实际上沈是想借李三才之口，传话给沈鲤，暗示内阁存在杀机，迫使沈鲤知难而退，不入内阁。
李三才精明过人，岂不知沈一贯心思？
但沈鲤入阁于东林是一大利好，这种事他李三才盼都盼不来，如何会阻止。所以他并没有如沈一贯所愿阻止沈鲤入阁，而是催促沈鲤尽早上任，这样有沈鲤在内阁为钉子，就能打破沈一贯浙党一统天下的局面。
但李三才还是要给沈一贯回信的。
这封信中，他极力称赞沈鲤为人忠厚，不会夺他人之美，更不会给沈一贯造成麻烦，以旁观者的角度劝说沈一贯当与沈鲤同心同德，以社稷为重。
读了李三才的信，沈一贯自是知道李三才的打的什么主意，从此便不再与李三才联系，将这漕抚视为小人。
果如沈一贯所料，沈鲤入阁之后立即和他发生了正面冲突。
事情是由矿税问题引起的。
苏州发生民变，以葛成为首的苏州织工，因反对税使孙隆加征税银，开始游街，并包围了税署，打死了织造衙门税使数人，吓得织造太监孙隆越墙逃走。从此只敢呆在杭州，再也不敢往苏州一步。
事情报上来后，万历自是愤怒，同时也是不安。因为自他广派矿监税使以来，各地确是多有民变逐杀矿监税使，可江南却从来没有发生过。且江南织造税收颇多，经此民变，只怕税收会大减，影响内库收入。
万历便下谕内阁，问阁臣有何良策。
沈一贯对皇帝的心意十分了解，清楚这位皇帝是不可能停罢矿税的，当年皇帝突然下旨要罢矿税，结果天一亮又反悔，就是他四明相公没能坚持，遂使撤矿一事成为泡影。当时的司礼太监气的指着他鼻子大骂，此事也是他心中耿耿于怀的事。但他也明白，就算他不交还旨意，皇帝也不可能真的就罢了矿监税使。
所以他思量半天，提出“包税包矿”的办法，即责成各省官员，按矿监税使核定的数目包征税银。或将税收指标一次性下发民间，由当地折合成银子上缴。
如此做法，既能使皇帝的内库税收不减，也可以减轻地方压力。因为包税具体落实下去，地方官府和富户并不会因此多交税，最终增税的还是普通百姓。
万历觉得这个办法不错，可是沈鲤当场就反驳说首辅提出的这个办法换汤不换药。
沈鲤认为眼下要紧的不是变换收税方式，而是要将遍布全国各地的矿监税使全部撤回，以息国人之怒，使百姓安居乐业。
万历一听，议都不用再议，拂袖而去。
按沈鲤的说法，万历这些年就全白忙活了。
也罢，孙隆被赶到杭州就杭州吧，少了苏州的税至少还能有杭州的税，可要是照沈鲤的说法，把所有税使全撤回来，那万历就什么税都见不着了。
沈一贯对沈鲤当着皇帝面反驳自己，自是不满。
此后各地陆续生事。
在如何处置上面，沈鲤的意见全和沈一贯相左，首辅次辅一个要朝东，一个要朝西，使得内阁难以运转。
有陕西税使梁永，请求皇帝批准他接领“镇守”一职，因沈鲤从中阻拦而止。再有，辽东矿监高淮打算以进贡的名义，率领统练的甲兵入京向皇帝陈情，沈鲤连夜进宫向皇帝密奏，加以阻止……
这一切，沈鲤都是直接越过首辅沈一贯独自行动，令沈一贯大为不快，明白沈鲤如此做的目的就是想取代他。
万历曾因国本之争贬了不少官员，沈鲤认为现在国本已定，应将被贬被免官员起复，但沈一贯却不同意。万历那边倒是同意了，也发了恩诏，但却被沈一贯封还。